将转换后的参数添加到stanfit对象

Question

我有一个名为fit的stanfit对象，由rstan::stan(...)以推断参数theta 。 我现在可以使用例如rstan::summary(fit, pars="theta")分析theta 。

后来我意识到，我对推断theta的平方更感兴趣。 我应该在STAN模型中包含一个transformed parameters块，以将theta_squared作为参数包含在输出中。

是否可以将转换后的参数theta_squared <- theta^2到现有的stanfit对象中，就像它是在transformed parameters块中计算出来的一样？

Answer 1

我不知道您是否可以（或应该）手动向stanfit对象添加参数。 至少您可以通过as.data.frame(fit)获得MCMC样本，然后根据需要对其进行处理，包括定义theta^2 。

Answer 2

您可以使用ShinyStan获得很多相同的图形（Rhat，ac等），它确实允许您添加这样的数量（如果是标量）。 例如，

library("shinystan")
# create shinystan object (sso)
sso <- as.shinystan(fit)
# add theta_squared to sso
sso <- generate_quantity(sso, fun = function(x) x^2, 
                         param1 = "theta", new_name = "theta_squared")
# launch the shinystan interface
launch_shinystan(sso)