如何计算PCA中的质心？

Question

为了比较 PCA 的每个组的质心向量，我正在寻找一种方法来计算每个 PC 和组的质心。 不是特别的图形，但在 MWE 中包含了一个情节，以使其更具描述性。

library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, center = TRUE, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))

Answer 1

此示例提供了一个数据框，其中包含来自 PCA 的质心坐标，然后可用于计算 PC 内质心之间的距离

library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, center = TRUE, scale. = TRUE)
df.wine.x <- as.data.frame(wine.pca$x)
df.wine.x$groups <- wine.class
pca.centroids <- aggregate(df.wine.x[,1:13], list(Type = df.wine.x$groups), mean)

例如，前两个 PC 的 barolo 和 grignolino 之间的欧几里得距离可以计算如下：

dist(rbind(pca.centroids[pca.centroids$Type == "barolo",2:3],pca.centroids[pca.centroids$Type == "grignolino",2:3]), method = "euclidean")