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[英]How to write dask dataframe to google cloud storage or Bigquery
[英]Write a Pandas DataFrame to Google Cloud Storage or BigQuery
您好,感谢您的时间和考虑。 我正在 Google Cloud Platform/Datalab 中开发 Jupyter Notebook。 我已经创建了一个 Pandas DataFrame 并且想将此 DataFrame 写入 Google Cloud Storage(GCS) 和/或 BigQuery。 我在 GCS 中有一个存储桶,并通过以下代码创建了以下对象:
import gcp
import gcp.storage as storage
project = gcp.Context.default().project_id
bucket_name = 'steve-temp'
bucket_path = bucket_name
bucket = storage.Bucket(bucket_path)
bucket.exists()
我尝试了基于 Google Datalab 文档的各种方法,但仍然失败。 谢谢
尝试以下工作示例:
from datalab.context import Context
import google.datalab.storage as storage
import google.datalab.bigquery as bq
import pandas as pd
# Dataframe to write
simple_dataframe = pd.DataFrame(data=[{1,2,3},{4,5,6}],columns=['a','b','c'])
sample_bucket_name = Context.default().project_id + '-datalab-example'
sample_bucket_path = 'gs://' + sample_bucket_name
sample_bucket_object = sample_bucket_path + '/Hello.txt'
bigquery_dataset_name = 'TestDataSet'
bigquery_table_name = 'TestTable'
# Define storage bucket
sample_bucket = storage.Bucket(sample_bucket_name)
# Create storage bucket if it does not exist
if not sample_bucket.exists():
sample_bucket.create()
# Define BigQuery dataset and table
dataset = bq.Dataset(bigquery_dataset_name)
table = bq.Table(bigquery_dataset_name + '.' + bigquery_table_name)
# Create BigQuery dataset
if not dataset.exists():
dataset.create()
# Create or overwrite the existing table if it exists
table_schema = bq.Schema.from_data(simple_dataframe)
table.create(schema = table_schema, overwrite = True)
# Write the DataFrame to GCS (Google Cloud Storage)
%storage write --variable simple_dataframe --object $sample_bucket_object
# Write the DataFrame to a BigQuery table
table.insert(simple_dataframe)
我使用了这个例子,以及来自datalab github 站点的_table.py文件作为参考。 您可以在 此链接中找到其他datalab
源代码文件。
from google.cloud import storage
import os
import pandas as pd
# Only need this if you're running this code locally.
os.environ['GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALS'] = r'/your_GCP_creds/credentials.json'
df = pd.DataFrame(data=[{1,2,3},{4,5,6}],columns=['a','b','c'])
client = storage.Client()
bucket = client.get_bucket('my-bucket-name')
bucket.blob('upload_test/test.csv').upload_from_string(df.to_csv(), 'text/csv')
使用 Google Cloud Datalab 文档
import datalab.storage as gcs
gcs.Bucket('bucket-name').item('to/data.csv').write_to(simple_dataframe.to_csv(),'text/csv')
更新@Anthonios Partheniou 的回答。
现在的代码有点不同 - 截至2017 年 11 月 29 日
将包含project_id
和dataset_id
的元组dataset_id
给bq.Dataset
。
# define a BigQuery dataset
bigquery_dataset_name = ('project_id', 'dataset_id')
dataset = bq.Dataset(name = bigquery_dataset_name)
将包含project_id
、 dataset_id
和表名的元组传递给bq.Table
。
# define a BigQuery table
bigquery_table_name = ('project_id', 'dataset_id', 'table_name')
table = bq.Table(bigquery_table_name)
# Create BigQuery dataset
if not dataset.exists():
dataset.create()
# Create or overwrite the existing table if it exists
table_schema = bq.Schema.from_data(dataFrame_name)
table.create(schema = table_schema, overwrite = True)
# Write the DataFrame to a BigQuery table
table.insert(dataFrame_name)
自 2017 年以来,Pandas 有一个 Dataframe 到 BigQuery 函数pandas.DataFrame.to_gbq
该文档有一个示例:
import pandas_gbq as gbq gbq.to_gbq(df, 'my_dataset.my_table', projectid, if_exists='fail')
参数if_exists
可以设置为 'fail'、'replace' 或 'append'
另请参阅此示例。
我花了很多时间找到最简单的方法来解决这个问题:
import pandas as pd
df = pd.DataFrame(...)
df.to_csv('gs://bucket/path')
对于使用Dask的任务,我有一个更简单的解决方案。 您可以将 DataFrame 转换为 Dask DataFrame,后者可以写入 Cloud Storage 上的 csv
import dask.dataframe as dd
import pandas
df # your Pandas DataFrame
ddf = dd.from_pandas(df,npartitions=1, sort=True)
dd.to_csv('gs://YOUR_BUCKET/ddf-*.csv', index=False, sep=',', header=False,
storage_options={'token': gcs.session.credentials})
我认为你需要将它加载到一个普通的字节变量中,并在一个单独的单元格中使用 %%storage write --variable $sample_bucketpath(see the doc) ......我仍在弄清楚......但这大致与读取 CSV 文件所需要做的相反,我不知道它是否对写入有影响,但我必须使用 BytesIO 来读取由 %% storage read 命令创建的缓冲区......希望它帮助,让我知道!
到Google storage
:
def write_df_to_gs(df, gs_key):
df.to_csv(gs_key)
到BigQuery
:
def upload_df_to_bq(df, project, bq_table):
df.to_gbq(bq_table, project_id=project, if_exists='replace')
要使用身份验证到期服务帐户在 GCS 中保存镶木地板文件:
df.to_parquet("gs://<bucket-name>/file.parquet",
storage_options={"token": <path-to-gcs-service-account-file>}
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