使用字典匹配密码子

Question

我正在尝试创建一个函数codon_pairs(pairs, codonsA, codonsB) ，它接受三个参数； 字典pairs和两个列表， codonsA和codonsB 。 字典包含碱基对，密码子列表包含密码子序列。 我正在尝试为codonsB中的每个密码子序列在codonsA找到互补密码子序列，并返回如下匹配对：

pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA']

print(codons_pairs(pairs, condonsA, codonsB))

[('AAG', 'TTC'), ('GAT', 'CTA'), ('TTG', 'AAC'), ('CAT', 'GTA'), ('GGC',   'CCG'), ('ATT', 'TAA'), ('TCT', 'AGA')]

在2元组中的第一项是从一个密码子codonsA和第二项是从密码子的匹配codonsB 。 例如，序列AAG ( codonsA[0] ) 和TCC ( codonsB[3] ) 是匹配对，因为 A 的碱基对是 T，G 的碱基对是 C，在pairs字典中突出显示。

另一方面，如果找不到匹配对，它将从最终结果中省略。

这是我到目前为止：

pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA']

def codons_pairs(pairs, codonsA, codonsB):

    for A in codonsA:
        for B in codonsB:
            for i in A:
                for j in B:

关于字典，我只是不确定如何检查codonsA和codonsB之间的对。 任何帮助将不胜感激。

Answer 1

将codonsB转换为set()以进行快速检查（O(1) 成员资格测试，不需要嵌套循环），然后通过您的pairs映射映射来自A每个密码子并针对该集合测试结果：

def codons_pair(pairs, codonsA, codonsB):
    codonsB = set(codonsB)
    for codon in codonsA:
        complement = ''.join([pairs[base] for base in codon])
        if complement in codonsB:
            yield (codon, complement)

以上是一个生成器函数； 它会在找到每个匹配项时产生它们。 您可以使用list()函数将生成的生成器转换为列表，或者只是迭代该函数。

演示：

>>> pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}
>>> codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
>>> codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA']
>>> list(codons_pair(pairs, codonsA, codonsB))
[('AAG', 'TTC'), ('GAT', 'CTA'), ('TTG', 'AAC'), ('CAT', 'GTA'), ('GGC', 'CCG'), ('ATT', 'TAA'), ('TCT', 'AGA')]