如何使用write.table在第一行写一个特殊字符

Question

我有一个数据集ped ，我想将其写入制表符分隔的文件中。 但是，标头需要以井号（ # ）开头（由于程序要求读取文件的人。如何将井号放在其中？

ped <- ped [,c('FAM_ID','IND_ID','FAT_ID','MOT_ID','SEX','DISEASE','RR','AGE')]
setwd(proj.dir)
write.table(ped, "DB/asymmetry.ped", sep="\t", row.names = FALSE, quote = FALSE)

Answer 1

您可以尝试：

cat("#", file = "DB/asymmetry.ped")
write.table(ped, "DB/asymmetry.ped", sep="\t", row.names = FALSE, quote = FALSE,
            append = TRUE)

注意，您将从write.table收到警告消息，因为这是默认行为：

## somewhere inside `write.table`:
if (!is.null(col.names)) {
        if (append) 
            warning("appending column names to file")

但不会造成伤害。

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另一种可能的方法是在第一个列名后附加"#" ，然后照常使用write.table （带有quote = FALSE ）：

ped <- ped [,c('FAM_ID','IND_ID','FAT_ID','MOT_ID','SEX','DISEASE','RR','AGE')]
NAMES <- names(ped)
NAMES[1] <- paste0("#", NAMES[1])
setwd(proj.dir)
write.table(ped, "DB/asymmetry.ped", sep="\t", row.names = FALSE, quote = FALSE,
            col.names = NAMES)

我会推荐这种方式。 让我们进行测试：

x <- trees[1:3, ]  ## use built-in dataset `trees`
NAMES <- names(x)
NAMES[1] <- paste0("#", NAMES[1])
## write to screen (stdout) for inspection
write.table(x, row.names = FALSE, col.names = NAMES, quote = FALSE)

#Girth Height Volume
8.3 70 10.3
8.6 65 10.3
8.8 63 10.2

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如果要在每行/每行的开头添加# ，则可以在第一列后附加"#"列：

ped <- cbind.data.frame("#" = "#", ped[,c('FAM_ID','IND_ID','FAT_ID','MOT_ID','SEX','DISEASE','RR','AGE')])
setwd(proj.dir)
write.table(ped, "DB/asymmetry.ped", sep="\t", row.names = FALSE, quote = FALSE)

再次，让我们进行测试：

x <- cbind.data.frame("#" = "#", trees[1:3, ])
## write to screen (stdout) for inspection
write.table(x, row.names = FALSE, quote = FALSE)

# Girth Height Volume
# 8.3 70 10.3
# 8.6 65 10.3
# 8.8 63 10.2