树状图的分​​层聚类的不同可视化

Question

我希望可视化层次聚类的形状，其中一个内部互为形状。 亮度级别表示层次结构的级别。 让我通过示例向您展示我的想法：

# Clustering small proportion of iris data   
clusters <- hclust(dist(iris[20:28, 3:4]), method = 'average')
# Visualizing the result as a dendogram    
plot(clusters)

现在，我们可以按以下方式转换树状图。

是否有任何R包可以产生类似的结果？

Answer 1

这只是部分答案。 您可以使用cluster程序包中的clusplot该方向进行操作。 您可能可以通过更改clusplot的来源（键入getAnywhere(clusplot.default)以获取来源）来对此进行改进。 但是，可能需要做一些工作才能使气泡不重叠。 无论如何，这是您从clusplot获得的情节。 一次查看单个图而不是一起显示它们可能也很有趣。

# use sample data
df <- iris[20:28, 3:4]
# calculate hierarchical clustering
hfit <- hclust(dist(df), method = 'average')
# plot dendogram
plot(hfit)
# use clusplot at all possible cutoffs and show on top of each other.
library(cluster)
clusplot(df, cutree(hfit, 1), lines = 0)
for (i in 2:nrow(df)){
  clusplot(df, cutree(hfit, i), lines = 0, add = TRUE)
}