使用python脚本将fasta文件转换为制表符分隔的文件

Question

我是一名学生，目前正在学习如何用python编写脚本。 我一直在做以下练习。 我必须以以下格式转换fasta文件：

>header 1 
AATCTGTGTGATAT 
ATATA  
AT
>header 2  
AATCCTCT

到这个：

>header 1  AATCTGTGTGATATATATAAT
>header 2  AATCCTCT 

我在摆脱空白方面遇到一些困难（使用line.strip（）？）任何帮助将不胜感激...

Answer 1

这将基于>字符创建一个新字符串，并将该字符串合并到下一个>为止。 然后将其追加到运行列表。

# open file and iterate through the lines, composing each single line as we go
out_lines = []
temp_line = ''
with open('path/to/file','r') as fp:
     for line in fp:
         if line.startswith('>'):
             out_lines.append(temp_line)
             temp_line = line.strip() + '\t'
         else:
             temp_line += line.strip()

with open('path/to/new_file', 'w') as fp_out:
    fp_out.write('\n'.join(out_lines))