Python 2.7：变量“未定义”

Question

我将Physionet的数据库用于与ECG信号分析有关的一些任务。 我想读取.MAT文件，提取文件上的MLII读数（位于第1行），使用“增益”和“基数”（位于Physionet也提供的.INFO文件中）将信号调整为mV，最后进行打印信号值及其周期。

我想编写一个脚本，可以对一个文件夹中的所有文件执行所有这些操作。 在此之前，我写了一篇我可以做的上述所有内容，并且效果很好。

但是，用于管理文件夹中所有.mat和.info文件的脚本给我带来了变量问题。 我在继承IF的一开始就尝试使用“全局”命令，但它始终发送类似的错误消息。

这是代码：

import os
import scipy.io as sio
import numpy as np
import re
import matplotlib.pyplot as plt

for file in os.listdir('C:blablablablabla\Multiple .mat files'):
    if file.endswith(".mat"):
        file_name=os.path.splitext(file)
        ext_txt=".txt"
        ext_info=".info"
        if file.endswith(".info"):
            f=open(file_name[0]+ext_info,'r')
            k=f.read()
            f.close()
            j=re.findall('\d+', k)
            Fs=j[9]
            gain=j[13]
            base=j[14]

        RawData=sio.loadmat(file)
        signalVectors=RawData['val']
        [a,b]=signalVectors.shape
        signalVectors_2=np.true_divide((signalVectors-gain),base)
        ecgSignal=signalVectors_2[1,1:]
        T=np.true_divide(np.linspace(1,b,num=b-1),Fs)
        txt_data=np.array([ecgSignal, T])
        txt_data=txt_data.T
        f=open(file_name[0]+ext_name,'w')
        np.savetxt(file_name[0]+ext_txt,txt_data,fmt=['%.8f','%.8f'])
        f.close()

我收到的错误消息是：

> File "C:blablablablabla\Multiple .mat files\ecg_mat_multi.py", line 24, in <module>
    signalVectors_2=np.true_divide((signalVectors-gain),base)
NameError: name 'gain' is not defined

问题出在变量“ gain”，“ base”和“ Fs”上。 我试图将它们定义为全局变量，但这没有什么区别。 您能帮我解决这个错误吗？

非常感谢您的时间和帮助。

编辑1：将错误消息复制到脚本下方。 编辑2：更改帖子标题，并删除其他问题。

Answer 1

使用两个循环并提取信息，然后再处理数据文件

for filepath in os.listdir('C:blablablablabla\Multiple .mat files'):
    if filepath.endswith(".info"):
        Fs, gain, base = get_info(filepath)
        break
for file in os.listdir('C:blablablablabla\Multiple .mat files'):
    if file.endswith(".mat"):
        file_name=os.path.splitext(file)
        ...
        RawData=sio.loadmat(file)
        signalVectors=RawData['val']
        ...

---

我正在处理您的第一次编辑，因此即使问题已得到简化 ，我仍将其包括在内

# foo.info
Source: record mitdb/100 Start: [00:00:10.000]
val has 2 rows (signals) and 3600 columns (samples/signal)
Duration: 0:10
Sampling frequency: 360 Hz Sampling interval: 0.002777777778 sec
Row Signal  Gain    Base    Units
1   MLII    200 1024    mV
2   V5  200 1024    mV

To convert from raw units to the physical units shown
above, subtract 'base' and divide by 'gain'.

我还要编写一个返回所需信息的函数。 使用函数提取信息可以使循环中的代码更具可读性，并且可以更轻松地测试提取。

由于文件结构良好，因此您可以遍历各行并通过计数行并使用str.split和slices提取信息。

此函数使用正则表达式模式提取信息：

# regex patterns
hz_pattern = r'frequency: (\d+) Hz'
mlii_pattern = r'MLII\t(\d+)\t(\d+)'

def get_info(filepath):
    with open(filepath) as f:
        info = f.read()
    match = re.search(hz_pattern, info)
    Fs = match.group(1)
    match = re.search(mlii_pattern, info)
    gain, base = match.groups()
    return map(int, (Fs, gain, base))

---

如果一个目录中有多个.info和.mat文件，则要确保为数据提取正确的信息。 由于.info文件的名称与其所属的.mat文件的名称相同，因此请按名称对目录列表进行排序，然后按名称进行分组-这将确保您正在对彼此相关的两个文件进行操作。

import itertools
def name(filename):
    name, extension = filename.split('.')
    return name

files = os.listdir('C:blablablablabla\Multiple .mat files')
files.sort(key = name)
for fname, _ in itertools.groupby(files, key = name):
    fname_info = name + '.info'
    fname_data = name + '.mat'
    Fs, gain, base = get_info(fname_info)
    # process datafile