我该如何更改sqlite在Ubuntu Linux R上创建etilqs文件的临时文件夹？

Question

我在Ubuntu上的R中运行sqldf，以从具有千兆字节数据的大表中选择某些ID，并且该过程根据inotifywait监视文件更改在/ var / tmp下创建了临时etilqs文件。 但是，我的/ var / tmp位于小磁盘上，这有时会导致R出错。 我找到了一个有关如何在Windows上更改sqlite的临时文件夹位置的线程 ，但是我不知道如何使其在Linux下工作。

library(sqldf)
customer_extr <- sqldf("select b.*, a.year, a.name from product as b left join customer as a on a.ID = b.ID", dbname = "/home/userName/customer.db")

在我看来，sqlite按以下顺序搜索目录中的临时文件存储位置（不是tempfile（），我可以通过选择tmpdir =选择创建文件的位置）：

1. 由PRAGMA temp_store_directory或sqlite3_temp_directory全局变量设置的目录
2. SQLITE_TMPDIR环境变量
3. TMPDIR环境变量
4. / var / tmp
5. / usr / tmp
6. / tmp目录
7. 当前工作目录（“。”）

我尝试了几种选择，但似乎都没有用：

1. 设置temp_store_directory：

    con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname = "/home/userName/customer.db") dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store_directory = '/mnt/tmp'") 

   但这出错了：

    Error in rsqlite_send_query(conn@ptr, statement) : basic_string::resize 

   当前，检查后未设置temp_store_directory

    Sys.getenv('temp_store_directory') 

2. 在运行R之前，我将环境变量设置为所需的临时文件夹：/ mnt / tmp：

    export SQLITE_TMPDIR=/mnt/tmp export TMPDIR=/mnt/tmp 

   我确认这已由设置成功

    echo $SQLITE_TMPDIR echo $TMPDIR 

   在Linux下，

    Sys.getenv('SQLITE_TMPDIR') Sys.getenv('TMPDIR') 

   在R中

   但是，我的sqldf步骤仍然将etilqs文件写入/ var / tmp。

3. 我试着跑

    dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store = 2") 

   指示sqlite将临时文件保存在内存中。 但是，它仍将etilqs文件写入/ var / tmp。

4. 我考虑过要为/ var / tmp创建一个符号链接以指向/ mnt / tmp，但是要做到这一点，我想我必须先删除/ mnt / tmp文件夹。 这是不理想的，因为它是共享的Linux服务器，并且/ mnt / tmp的磁盘有时会被卸载。 我不确定这是否会给其他应用程序和用户带来麻烦。

我不知道如何在R中检查/更改sqlite3_temp_directory全局变量。

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1  gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.5-1     memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8   digest_0.6.10 chron_2.3-47

我可以尝试将OS磁盘升级到更大的驱动器，但是没有办法告诉Linux下R中的sqlite在其他地方写入临时文件吗？ 任何建议将不胜感激！

Answer 1

您可以让R使用不同的临时目录，它尊重环境变量的几种设置：

edd@max:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'              # default
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL"
edd@max:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())'   # overridden
[1] "./RtmpsJk2lP"
edd@max:~$ 

我们将不得不查看RSQLite和/或sqldf程序包的源，以查看它们是否使用自己的设置，还是从R中获取。如果是后者，我怀疑至少是sqldf，那么您有办法。

但是一定要记得在开始R 之前设置TMPDIR（或类似设置）。