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[英]sum list-column of matrices (from nested data.frame) using R, dplyr
[英]Sum a list column of matrices in a data.frame by grouping factor
我有一个dataframe
,其中一列是一个包含每行矩阵的列表,定义了该观察的转换矩阵。
library(tidyverse)
m <- matrix(1:4, ncol = 2)
d <- data_frame(g = c('a', 'a', 'b', 'b', 'b', 'c'),
m = rep(list(m), 6))
这看起来像:
# A tibble: 6 × 2
g m
<chr> <list>
1 a <int [2 × 2]>
2 a <int [2 × 2]>
3 b <int [2 × 2]>
4 b <int [2 × 2]>
5 b <int [2 × 2]>
6 c <int [2 × 2]>
我想得出两个矩阵的列表, a
和b
,它们是每个相应分组因子的所有矩阵的总和。 我需要这种方法推广到任意数量的组,因为我不会提前知道分组因子的数量。
我已经尝试了by_slice
并且do
,但我能设法输出的是所有矩阵的总和,或者仅仅a
或b
矩阵的总和 - 不绑定在单个组中。
您可以通过将矩阵嵌套在组(使用tidyr的nest
)中来创建,这将创建一个包含矩阵列表的列表列。 然后,您可以使用purrr的map
和reduce
来汇总每个组列表中的矩阵:
results <- d %>%
nest(-g) %>%
mutate(summed = map(data, ~ reduce(.$m, `+`)))
结果:
# A tibble: 3 × 3
g data summed
<chr> <list> <list>
1 a <tibble [2 × 1]> <int [2 × 2]>
2 b <tibble [3 × 1]> <int [2 × 2]>
3 c <tibble [1 × 1]> <int [2 × 2]>
summed
列将在每个组中添加矩阵。
如果你想把它变成一个带有a / b / c矩阵项的命名列表,你可以这样做:
lst <- results$summed
names(lst) <- results$g
lst
或者:
results %>%
select(-data) %>%
spread(g, summed)
用另一种方式group_by
, summarise
,并reduce
:
m_sum <- function(l) {
reduce(l, `+`) %>% list()
}
group_by(d, g) %>%
summarise(m_sum = m_sum(m)) %>%
select(m_sum) %>%
unlist(recursive = FALSE)
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