在Ubuntu 16.04 VirtualBox上安装Rmpi

Question

我在VM VirtualBox上创建了新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64计算机，我希望能够将R环境与Rmpi一起使用。

以下两种方法都给出了类似的错误。

更新了简化的预构建二进制方法：

安装Ubuntu后，我打开了一个终端并执行以下命令：

~$ sudo apt-get update
~$ sudo apt-get install openmpi-bin
~$ sudo apt-get install r-base
~$ sudo apt-get install r-cran-rmpi
~$ R

这打开了R终端，我调用了跟随函数，导致了错误：

> library(Rmpi)
libmpi.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details:
call: fun(libname, pkgname)
error: Cannot start MPI_Init(). Exit
Error: package or namespace load failed for ‘Rmpi’

我尝试过的替代方法包括使用本地OpenMPI安装和使用R函数install.packages安装Rmpi软件包（请参见下文）。 这些都导致了相同的错误。

我还尝试通过将~$ sudo apt-get install mpich替换为上述过程中的第二个命令来使用MPICH（包括使用R函数安装软件包），这会导致更加繁重的运行时错误。

有人知道我做错了什么或者我可以解决该安装错误吗？

或者，是否有人能够使用任何Linux发行版或具有预安装组件的映像成功地使用Rmpi安装VirtualBox计算机？

原始本地安装方法：

我已按照此博客上的说明下载OpenMPI 2.1.0版，进行编译和安装。 但是，当我尝试通过以下方式在R中安装软件包时：

> install.packages("Rmpi", configure.args =
  c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/openmpi/include",
    "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/openmpi/lib",
    "--with-Rmpi-type=OPENMPI",
    "--with-mpi=/home/jormunr/openmpi/"))

它给出了以下错误

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/jormunr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rmpi/libs/Rmpi.so':
libmpi.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

我可以看到“ libmpi.so.20”文件位于/ home / jormunr / openmpi / lib中，该文件是我作为安装参数之一提供的。

Answer 1

[免责声明：我不是Linux专家，仅具有用户级技能。 专家的任何贡献或纠正，将不胜感激。]

预生成二进制方法

尽管尝试了各种方法来安装预构建的二进制文件，但我没有设法使该选项起作用。 这涉及在终端中执行命令“ sudo apt-get install r-cran-rmpi”以安装r-cran-rmpi预先构建的软件包，该软件包还自动安装列出的先决条件libopenmpi1.10软件包。 但是，似乎文件'libmpi.so'没有包含在libopenmpi1.10包中，而是Rmpi库期望的，这会在R环境中导致找不到该文件的错误。

本地安装方法

进行了一些修改，最终使本地安装成功。 我使用默认设置创建了一个新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64 VirtualBox映像，除了2048MB的内存和32GB的硬盘空间。 安装后，我打开了一个终端并执行了Jovinge Lab网站上的命令，其中包括倒数第二个命令，该命令修改了运行时链接编辑器的路径，并使R的install.package（）函数可以找到“ libmpi.so”文件。 （还将版本更改为1.10.6，因为这是版本1的最新版本-请参阅下面的版本2）

~$ cd /home/jormunr
~$ wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.2.tar.gz
~$ tar -zxvf openmpi-1.10.6.tar.gz
~$ cd openmpi-1.10.2
~$ ./configure --prefix=/home/jormunr
~$ make
~$ make install
~$ sudo apt-get install r-base
~$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/jormunr/lib:$LD_LIBRARY_PATH
~$ R

这将打开R终端，并调用了该函数：

> install.packages("Rmpi", configure.args =
+ c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/include/",
+   "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/lib/",
+   "--with-Rmpi-type=OPENMPI",
+   "--with-mpi=/home/jormunr/"))

现在可以正确执行该命令，并且可以使用以下R语句对其进行测试：

> library("Rmpi")
> mpi.spawn.Rslaves()
master (rank 0, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla
slave1 (rank 1, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla
> mpi.close.Rslaves()
[1] 1
> mpi.quit()

当我使用OpenMPI版本2.1.0尝试此过程时，安装成功完成，但是上述测试存在问题； mpi.spawn.Rslaves（）函数已完成，但mpi.close.Rslaves（）未完成–从未返回，并且终端被挂起。

Answer 2

我遇到了类似的挑战。 我找到了libopenmpi-dev是秘密的解决方案。

sudo apt-get install openmpi-common openmpi-bin libopenmpi-dev r-base
sudo apt-get install r-cran-rmpi
sudo su
R
install.packages("doMPI", dependencies=TRUE)