计算从设置节点到所有其他节点的最短路径，其中某些节点被禁止从路径

Question

我想在Python中实现以下内容，但不确定从哪里开始。 是否有针对此类最短路径问题的良好模块？

我正在尝试为3D化学结构（图）在给定的xyz坐标集合中定义从特定原子（节点）到所有其他原子（节点）的最短路径 。 原子（节点）之间的键是允许从一个节点到另一个节点行进的边。

我试图根据从选定中心节点向外的连通性从分子（图形）中滤除某些原子（节点）。

**对于所考虑的路径，我想禁止某些原子（节点）被越过。 如果从A到B的最短路径是通过禁止的节点，则不允许该答案。 从A到B的最短路径不得包含禁止的节点**

如果从选定的中心原子（A）到另一个其他节点（B）的最短路径包括禁止的节点，并且没有其他的路径通过可用边（键）从A到B，那么应该从中删除节点B。要保存的最后一组xyz坐标（节点）。

对于结构（图形）中的所有其他原子（节点），应针对A至C，A至D，A至E等重复此操作。

在此先感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

确保将导致禁止节点的所有边都具有无限成本，并且无论您使用哪种图形遍历算法都会自动对其进行处理。

或者，只需从图遍历算法中删除禁止节点即可。

Answer 2

为了回答问题的第一部分，我建议使用networkx。 这是一个通用的图形库，非常容易使用（我在博士学位中使用了它）。