在 Azure ML 中安装 R 包

Question

这是我第一次使用Azure ML ，我过得很艰难。 我需要安装Azure ML默认不提供的多个R packages 。 为简单起见，假设我只需要安装forecast包。

根据这里写的内容，我还需要规划forecast package的依赖项的安装。 但是，根据文档， forecast package几乎有十几个依赖项。 此外，这些依赖项可能具有默认情况下未安装在Azure ML中的依赖项。 此外，在 Azure ML 中上传 zip 文件并尝试使所有依赖项都正常工作似乎不太正确。

有没有比我在网上找到的更简单、更简单的安装forecast package的方法？ 公司做什么？ 上传 zip 文件似乎不可行！

Answer 1

不幸的是。 您可以做两件事。

1. 首先确定azureml中已经安装了哪些依赖项。 看到这个博客文章

   在AML Studio中使用Execute R脚本任务，然后复制粘贴以下脚本：

    out <- data.frame(installed.packages(,,,fields=”Description”)) maml.mapOutputPort(“out”) 

2. 收集所有依赖的程序包（导入和linkingto），并将它们添加到zip文件中（以正确的顺序），并遵循链接到的博客文章中的信息。

我使用选项1，因为这限制了所需的软件包数量。 但是请注意azureML和cran的版本差异。

Answer 2

您可以使用miniCRAN（ https://cran.r-project.org/web/packages/miniCRAN/index.html ）构建包含所有依赖项的zip文件，然后上传zip文件并使用它来安装所需的软件包。 它还允许您选择目标平台（type =“ win.binary”）和R版本（RVersion =“ 3.1”），这些平台在使用Azure ML时至关重要。 这里有一个概述步骤的教程（ http://blog.revolutionanalytics.com/2015/10/using-minicran-in-azure-ml.html ）。

Answer 3

还有另一种简单的解决方案，可以在Azure ML Studio上上传自定义程序包。 我以quanteda为例。 清空已安装的软件包文件夹。 。 需要避免本地环境中已有的软件包与最近安装的软件包之间的混淆。 接下来，安装软件包。 在安装过程中，重要的是要保持软件包的安装和安装顺序（因为这些软件包也可能有其自己的依赖性）。

 - le package ‘chron’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été
   vérifiées avec succés 
 - le package ‘RColorBrewer’ a été décompressé et
   les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
 - ...
 - le package ‘quanteda’ a été décompressé et les
   sommes MD5 ont été vérifiées avec succés

在上述同一文件夹中找到所有相关的软件包：C：\\ Users \\\\ Documents \\ R \\ win-library \\。 然后需要分别压缩每个程序包。 为了节省时间，您可以创建一个简单的批处理文件，该文件将对目录中的每个文件夹（使用（*）中的/ d %% X）进行压缩（使用7z应用程序），执行“ c：\\ Program Files \\ 7-Zip \\ 7z.exe”一个“ %% X.zip”“ %% X \\”）。

然后将所有存档放入一个文件夹，然后将其上传到Azure ML环境。 注意：Quanteda依赖的大多数程序包已经安装在Azure虚拟机上，因此无需手动安装它们。 但是，对于其他组件，有必要在安装Quanteda之前手动安装它们。 您可以将依赖项列表与可用的软件包列表进行比较，也可以上传所有内容，然后逐步添加软件包并浏览输出日志。 例如，如果直接安装Quanteda而不安装其依赖项（install.packages（“ src / quanteda.zip”，lib =“。”，repos = NULL，verbose = TRUE）），则会生成以下错误：

Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
there is no package called 'ca'

现在很明显，所有在“ ca”之前的软件包都已预安装。 因此，添加其他安装将解决此问题。 因此，要安装Quanteda，需要以下命令：

install.packages("src/ca.zip", lib = ".", repos = NULL, verbose = TRUE)
install.packages("src/quanteda.zip", lib = ".", repos = NULL, verbose = TRUE)
library(quanteda, lib.loc=".", verbose=TRUE)

现在，您可以使用自定义程序包了。

Answer 4

有一个更简单的方法！ 使用安装创建脚本

例如，我的名为 eli_test_01.R 的脚本有：

install.packages("popbio")

然后转到终端并使用 sudo 运行脚本： sudo Rscript eli_test_01.R

坐下来

伊莱