在Mac OS X中，vmd不能在命令行参数中使用文件名打开

Question

我最近已从Linux转移到Mac OS。 我已经在这台新机器上安装了vmd。 当我键入以下命令时，vmd会加载而没有任何分子：

vmd protein.gro

* .gro文件包含一个蛋白质分子。 我想像在Linux中一样打开此文件：

*applicationname filename*

但是它没有作用。 通过vmd发射分子根本不起作用。 我试图用谷歌搜索这个问题，但是我找不到正确的答案。 有谁遇到过同样的问题并且能够解决吗？

Answer 1

vmd是本地Mac应用程序吗？ 如果是这样，您应该能够使用open -a /path/to/vmd.app filename 。

Answer 2

我认为这取决于应用程序本身，但也许可以尝试一下。 首先，使用终端找到应用程序的安装位置，如下所示：

which vmd

您应该找到通往它的道路。 然后使用如下路径：

open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro

Answer 3

大概有点晚了，但是还是。 您只需要在bash_profile文件中添加一行即可。

bash_profile文件位于：

/Users/user-name/.bash_profile

（请记住，将用户名更改为您的真实用户名，并注意文件名开头的点）

在.bash_profile（或.profile）文件中添加：

alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'

（对于其他版本的VMD，您需要将路径（1.9.3）更改为实际VMD版本的路径）。 保存并关闭。

之后，只需再次提供您的.bash_profile（或.profile）文件，以便将更改合并到您的Shell中或打开一个新的终端窗口。

现在您可以输入：

vmd my-gro-file.gro

就像在Linux中一样。