R：如何将graphNEL对象转换为邻接矩阵

Question

这是我的graphNEL对象

>mergedPathways_d
A graphNEL graph with undirected edges
Number of Nodes = 41 
Number of Edges = 102

我试图coerce 。 它没有解决。 它要求预定义矩阵，并且To和From不能正常工作，我将NA作为adj矩阵中的条目

我尝试使用edgeL 。 它没有解决。 我得到的边缘列表以数字作为边缘，而不是基因名称。 而且我不知道如何将基因映射到这些数字上。

我尝试使用igraph.from.graphNEL将其转换为igraph，然后使用as_adjacency_matrix 。 它没有解决。 我得到了dgCMatrix而不是具有可访问的行和列的普通矩阵，并且我也无法将其转换为数据帧。

现在，邻接矩阵（41 x 41）的行和列为graphNEL对象的41个基因名称。 或具有2列102行的边列表。 每条边在一行上。

任何帮助将不胜感激。 整天都在尝试从KEGG中提取数据，现在试图将其操纵为所需的形式以供进一步应用。

谢谢！

Answer 1

你有没有尝试过：

as(mergedPathways_d, "matrix")