火山图变色

Question

我正在用ggplot2绘制一些代谢组学数据的火山图。 它工作得很好，我用它来上色以反映p值和倍数变化的截止值。 但是，我希望根据“变量”列中的值对圆点进行差分着色。

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp, colour=posthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.5, size=2.5) +
 theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-5, 5)) + ylim(c(0, 12)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")
volcano

foldpg的“变量”列具有四个可能的值-我想为每个变量指定唯一的颜色。

谢谢

Answer 1

我生成了具有三个变量的数据框foldpg

x=log2fold
y=logp
variable

foldpg的“变量”列具有四个可能的值A, B, C, D

log2fold<-runif(100, -1, 1)
logp<-runif(100, -5, 5)
variable<-sample( LETTERS[1:4], 100, replace=TRUE)
foldpg<- data.frame(variable, log2fold, logp)

使用geom_point(aes(colour = variable))可以设置四种颜色，而使用scale_colour_manual可以将颜色分配给四个值A, B, C, D

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp)) +
  geom_point(aes(colour = variable), alpha=0.5, size=2.5) +
  scale_colour_manual(values = c("A"= "yellow", "B"="red",  "C"= 
  "black", "D"="green"))
volcano

但是，您将需要排除colour=posthreshold