R v3.4.0-2无法在Arch上找到libgfortran.so.3

Question

我刚刚度假一个月，所以我无法说出发生这种情况的确切点，但是官方Arch回购的R现在无法启动，引用

/usr/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: 
libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

我认为也许一个符号链接被错误地放置或销毁，所以我查看了/ usr / lib来尝试找到它：

ls -halt /usr/lib/libgfortran.so.*

lrwxrwxrwx 1 root root   20 May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4 -> libgfortran.so.4.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 7.1M May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4.0.0

已libfortran.so.3被取代的libgfortran.so.4的门吗？ 如果是这样，是否有任何可能的解决方法让R运行旧版本？

---

pacman -Qi r

Name            : r
Version         : 3.4.0-2
Description     : Language and environment for statistical computing and graphics
Architecture    : x86_64
URL             : http://www.r-project.org/
Licenses        : GPL
Groups          : None
Provides        : None
Depends On      : blas  lapack  bzip2  libpng  libjpeg  libtiff  ncurses  pcre  readline  zlib  perl  gcc-libs  libxt  libxmu  pango  xz  desktop-file-utils  zip  unzip
Optional Deps   : tk: tcl/tk interface [installed]
                  texlive-bin: latex sty files [installed]
Required By     : None
Optional For    : graphviz
Conflicts With  : None
Replaces        : None
Installed Size  : 58.04 MiB
Packager        : Evangelos Foutras <evangelos@foutrelis.com>
Build Date      : Tue 25 Apr 2017 05:04:31 AM EDT
Install Date    : Tue 20 Jun 2017 12:27:06 PM EDT
Install Reason  : Explicitly installed
Install Script  : No
Validated By    : Signature

---

编辑：如果有其他人遇到这个， r-devel AUR正确编译并运行，所以希望在下一个版本颠簸时问题将得到解决。

Answer 1

实际上，gfortran 7将ligfortran版本颠覆到版本4.请参阅http://gcc.1065356.n8.nabble.com/patch-fortran-PR77828-Linking-gfortran-7-compiled-program-with-libgfortran-of-5 -x-allowed-but-crashes-td1311625.html它不向后兼容，一些API已经改变。

如果您安装旧版本的gfortran，您将获得libgfortran.so.3。 在您的系统中拥有多个版本是完全没问题的。 也许有一种方法如何为版本4重建R， 但它可能会更多的工作 。 请参阅其他答案如何重建软件https://stackoverflow.com/a/50744705/721644

Answer 2

我在一个名为pyferret的软件上工作，需要libgfortran.so.3 。 我正在运行fedora 27，其默认情况下，包管理器安装gfortran 7（更高版本）。 这会在/usr/lib64生成共享对象libgfortran.so.4 。 另一个运行Ubuntu 16.04.3的Linux系统有libgfortran.so.3 。 我将它复制到〜/ pkgs / libs中的系统并运行应用程序

export LD_PRELOAD=/home/vasu/pkgs/libs/libgfortran.so.3:/home/vasu/pkgs/libs/libopenblas.so.0;pyferret

这没有上述错误。

Answer 3

R中有许多软件包依赖于GCC Fortran。 其中一些尚未更新以针对新GCC进行编译，而某些包更新依赖于这些，deldir和robustbase是两个示例。

检查警告并安装任何无法加载的软件包然后执行升级。

Answer 4

问题可能来自一些在GCC更新后尚未重建的AUR包。 在我个人的情况下，可能是openblas-lapack了（参见https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=236900 ）。 因此可能不需要安装任何以前版本的GCC。

我做的是：

1. 更新我所有的AUR套餐（ yaourt -Syua ）
2. 然后重建R（ pacman -S r ）

它再次起作用。

Answer 5

我不能肯定地说Arch-Linux，但是在Ubuntu上的apt包含的标准repos集上有多个版本的gfortran库。

当更改为18.04（LTS）时，我必须安装以前的版本以及库的默认版本4。

对我来说，以下命令解决了这个问题： sudo apt-get install libgfortran3

如果您的软件包暂时没有维护，重建R中的所有软件包可能无法解决问题，就像我的情况一样。

Answer 6

每当libgfortran收到不兼容的soname bump时，会定期发生此问题，主要是因为在R世界中，blas / lapack被AUR中的替代实现替换是很常见的。

这里要注意的重要一点是它实际上不是R有错误 。

这里的轻微免责声明：我在这里与我的官方Arch Linux bugwrangler帽子说话，这就是我试图追踪这类问题的方法。 （这也是我如何检查错误报告是否应该被关闭为无效的。）

使用我方便的Arch Linux bugwrangler实用工具pkg-list-linked-libraries （它完成了它在锡上的说法）：

$ pkg-list-linked-libraries r libgfortran.so
==> checking linked libraries for r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz ...
==> ERROR: No file in r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz is linked to libgfortran.so

所以，如果它不是来自R本身，它来自哪里？ 使用工具lddtree （来自pax-utils）不仅可以显示可执行文件所需的库（如ldd ），还可以以树格式显示为什么需要它们：

$ lddtree /usr/lib/R/bin/exec/R
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
    libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
        libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
            libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5
                libquadmath.so.0 => /usr/lib/libquadmath.so.0
                libgcc_s.so.1 => /usr/lib/libgcc_s.so.1
        libm.so.6 => /usr/lib/libm.so.6
        libreadline.so.7 => /usr/lib/libreadline.so.7
            libncursesw.so.6 => /usr/lib/libncursesw.so.6
        libpcre.so.1 => /usr/lib/libpcre.so.1
        liblzma.so.5 => /usr/lib/liblzma.so.5
        libbz2.so.1.0 => /usr/lib/libbz2.so.1.0
        libz.so.1 => /usr/lib/libz.so.1
        libtirpc.so.3 => /usr/lib/libtirpc.so.3
            libgssapi_krb5.so.2 => /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2
                libkrb5support.so.0 => /usr/lib/libkrb5support.so.0
                libkeyutils.so.1 => /usr/lib/libkeyutils.so.1
                libresolv.so.2 => /usr/lib/libresolv.so.2
            libkrb5.so.3 => /usr/lib/libkrb5.so.3
            libk5crypto.so.3 => /usr/lib/libk5crypto.so.3
            libcom_err.so.2 => /usr/lib/libcom_err.so.2
        librt.so.1 => /usr/lib/librt.so.1
        libdl.so.2 => /usr/lib/libdl.so.2
        libicuuc.so.62 => /usr/lib/libicuuc.so.62
            libicudata.so.62 => /usr/lib/libicudata.so.62
            libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6
        libicui18n.so.62 => /usr/lib/libicui18n.so.62
        libgomp.so.1 => /usr/lib/libgomp.so.1
    libpthread.so.0 => /usr/lib/libpthread.so.0
    libc.so.6 => /usr/lib/libc.so.6

这里的相关位是开头：

/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
    libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
        libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
            libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5

如果我删除了libgfortran库，因为这是一个测试chroot，我不在乎它发生了什么，我看到：

/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
    libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
        libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
            libgfortran.so.5 => None

这清楚地表明libblas.so找到了libgfortran.so时出错了，从那里你可以检查一下pacman包拥有破坏的libblas.so - 如果它是真正的官方存储库包，那么你可以报告错误以修复它，如果没有，那么现在你知道自己重新编译哪个AUR包。