如何在 ipython notebook 中运行交互式 jmol 或 jsmol 对象

Question

我想为一个研讨会做一个演示，我想以交互方式展示一个蛋白质结构（3D 旋转，甚至可能改变它显示的模型，比如卡通、线框、球和棒，......）

我希望这是内联的，而不是在单独的窗口或文件中。

我可以考虑两种可能的解决方案。

一种方法是调用一个内联输出到笔记本的软件，所以假设我通过 bash 用我的输入文件运行 Jmol，然后从笔记本中操作整个内容（请注意，我使用的是 ipython 笔记本，但我如果解决方案需要，愿意安装 jupyter 或任何其他东西）。 这会很棒，尤其是如果我可以将它与任何其他软件一起使用，但我认为这并不容易，甚至可能不可能。

另一种方法是在同一个浏览器、不同的选项卡中链接到一个已经运行的 jmol 或 jsmol 对象，并在笔记本中内联显示相同的内容并在我呈现时从那里旋转它。 我认为这更有可能，因为两者都在同一个浏览器中运行，并且都知道 html 和 javascript，所以有一种共同的语言。 （我对 HTML、javascript 或 php 不太了解，但我认为可以做到）

如果你打开这个链接：

http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1A0K&bionumber=1

您将看到可旋转的对象。 如果我运行 Firebug 来检查这个对象，它会给我：

canvas id="jmolApplet0_canvas2d" style="width: 100%; height: 100%; z-index: 9002; cursor: default;" 宽度=“600”高度=“600”

但这对我来说没有多大用处，因为我不明白。 它看起来像 XML 代码，也像函数或类的输入，但我不知道如何在笔记本演示文稿中运行它。

我也试图保存对象，然后使用 python 解析它，但这只会给我 3D 对象的点，并且不会给它着色或为对象提供表面，或者至少我不知道如何做到这一点. （我说的是 VRML）

为了在 ipython notebook 中运行内联的东西，我发现：

%matplotlib nbagg

工作，但没有别的。

任何帮助表示赞赏。

我正在使用 python3、ipython3 notebook、ubuntu 16.04、firefox，但我可以安装任何可以解决我的问题的东西，如果必须的话，甚至可以在 virtualbox 中使用 windows。

Answer 1

我搜索了很多，我在 Oliver Stueker 的 github 站点上找到了一个工作示例： https : //github.com/ostueker/simple_jmol_demo

我遇到的唯一问题是我需要 .pdb 文件，而不是 cml，因为 cml 不包含二级结构信息。 我搜索了更多，并找到了 jhjensen2 发布的另一个几乎可以工作的示例： https ://gist.github.com/jhjensen2/4701339

所以我想出了这个：

%%html
<!doctype html>
<html>
    <title>A simple Jsmol example</title>
<head>
    <script type="text/javascript" src="jsmol/JSmol.min.js"></script>

    <script type="text/javascript">
    var Info = {
      width: 500,
      height: 500,
      j2sPath: "jsmol/j2s",
    }
    </script>
</head>
<body>
    <script type="text/javascript">
      jmolApplet0 = Jmol.getApplet("jmolApplet0", Info);
      Jmol.script(jmolApplet0,"background black; load 1a0k.pdb; wireframe only; spin on")
    </script>
    <br clear="all" / >
        <b>Model:</b>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'wireframe only; ');" checked="checked">Wireframe</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'cartoon only; ');">Cartoon</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'backbone only; ');">Backbone</input>
        <b>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Spin:</b>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'spin off; ');" checked="checked">Off</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'spin on; ');">On</input></br>
    <br clear="all" / >
        <b>Color:</b>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color cpk; ');" checked="checked">Atom</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color structure; ');">Secondary</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color chain; ');">Chain</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color amino; ');">Residue</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color group; ');">Group</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color monomer; ');">Monomer</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color relativeTemperature; ');">Relative temp.</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color fixedTemperature; ');">Fixed temp.</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color black; ');">Black</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color white; ');">White</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'color grey; ');">Grey</input>
        </br>
    <br clear="all" / >
        <b>Background:</b>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background black; ');" checked="checked">Black</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background white; ');">White</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background red; ');">Red</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background green; ');">Green</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background blue; ');">Blue</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background yellow; ');">Yellow</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background cyan; ');">Cyan</input>
        <input name="vis" type="radio" onclick="javascript:Jmol.script(jmolApplet0,
       'background magenta; ');">Magenta</input></br>
</body>

您可以将其用作 ipython 笔记本魔术。

编辑：目前只有当您加载的文件不是 .pdb 文件时，它才会加载一个 .cml 文件，您可以使用 Avogadro 创建该文件。 该代码将仅在浏览器中加载 .pdb 文件，而不是在 ipython notebook 中。 可能没有办法将两者结合起来。 如果我在Jmol.getApplet使用load inline ， Jmol.getApplet我不起作用，但它在Jmol.getApplethtml中有效，但仅适用于 .cml 文件，不适用于 .pdb 文件。 :(

Answer 2

我已经整合了我拼凑在一起的两种现代方式，或者在这里的 repo 中遇到（nbviewer 'cleaner' view of the same notebook： here ）。
通过此启动链接在浏览器中启动 Jupyter 会话，并在 MyBinder.org 的支持下，该笔记本主动运行。

我希望扩展它所在的 repo ，看看可以做些什么来使用其他人开发的jupyter-jsmol 扩展与大分子结构进行交互。

如何在 ipython notebook 中运行交互式 jmol 或 jsmol 对象

问题描述

2 个解决方案

解决方案1
2 2017-07-09 11:20:51

解决方案2
0 2021-01-08 14:30:33

如何在 ipython notebook 中运行交互式 jmol 或 jsmol 对象

问题描述

2 个解决方案

解决方案1 2 2017-07-09 11:20:51

解决方案2 0 2021-01-08 14:30:33

解决方案1
2 2017-07-09 11:20:51

解决方案2
0 2021-01-08 14:30:33