在ggplot2中绘制基准图

Question

我以前一直使用Sushi包中的plotBedgraph函数来生成基准图图，但是我现在正尝试使用ggplot2重新创建此图，因为它与我的实验室使用的其他绘图代码不兼容。

密度图似乎适用于该图，但是由于Python的经验不足的R用户，我无法将正确的参数数据打包到图函数中。 是否可以将下面的图像复制到ggplot中，也许作为密度图或其他合适的图函数？

用于生成图的数据如下所示：

chr13   0   41982   0.00000
chr13   41982   41994   0.10076
chr13   41994   42007   0.90151
chr13   42007   42009   1.73827
chr13   42009   42025   1.74104
chr13   42025   42040   2.55356
chr13   42040   42058   3.49472
chr13   42058   42072   4.29485
chr13   42072   42074   5.19204
chr13   42074   42076   4.29485
chr13   42076   42080   4.29924
chr13   42080   42085   4.30696
chr13   42085   42090   4.31473
chr13   42090   42093   4.32252
chr13   42093   42096   4.33021
chr13   42096   42099   4.33801
chr13   42099   42100   5.24009
chr13   42100   42107   4.33801
chr13   42107   42129   4.34580
chr13   42129   42145   3.54015
chr13   42145   42149   2.60059
chr13   42149   42164   2.57264
chr13   42164   42167   2.29211
chr13   42167   42190   2.57264
chr13   42190   42191   1.74104
chr13   42191   42193   2.57264
chr13   42193   42203   1.44231
chr13   42203   42212   1.74104
chr13   42212   42220   0.91309
chr13   42220   42221   0.96337
chr13   42221   42222   0.11592
chr13   42222   42225   0.16794
chr13   42225   42235   0.17174
chr13   42235   42242   0.17557
chr13   42242   42249   0.17939
chr13   42249   43000   0.00000

Answer 1

这个怎么样？

ggplot(data) + geom_rect(aes(xmin=start,xmax=end,ymin=0,ymax=value))

它只是将您的每个间隔绘制为一个填充的矩形，而无需进行拼合。

Answer 2

这不能完全从Sushi包中复制出plotBedgraph ，但是您可以尝试：

ggplot(df, aes(x=start, y=value)) +
  geom_step() +
  theme_classic()

它没有填充，否则会变得很接近。