从基因符号和ID获取基因位置

Question

我想从基因符号（例如：TTN）和基因ID（例如：ENSG00000155657）获得人类基因组的基因定位。 我想用R的biomaRt包来做它我怎么能这样做？

Answer 1

我不完全确定你的基因位置是什么意思，但我认为以下内容应该让你开始：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'),
      filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'),
      values=list('TTN', 'ENSG00000155657'),
      mart=ensembl)

您可以通过向values列表添加其他向量（在此示例中为长度为2）来输入更多过滤器。

您可以使用函数listAttributes(ensembl)来获取包含您可以从biomart获取的所有属性的data.frame。

正如@neilfws已经说过的那样， biomaRt用户指南是寻找有关biomaRt的更多信息的正确位置。 我建议您在Bioconductor支持论坛上询问有关Bioconductor R包的更多问题，例如biomaRt。