从PCA r获取集群

Question

我有一个PCA，其中显示了两个非常大的群集，但我不知道如何找出每个群集中的样本。

如果有帮助，我将使用prcomp生成PCA：

pca1 <- autoplot(prcomp(df), label = TRUE, label.size = 2)

我的方法是尝试使用kmeans和2个组对PCA输出进行聚类以获得聚类：

pca   <- prcomp(df, scale.=TRUE)
clust <- kmeans(pca$x[,1:2], centers=2)$cluster

然后，我可以绘制一个漂亮的图，但是仍然不清楚每个群集中的样本。 供参考，这是如果我绘制kmeans输出的图形生成：

如您在第一张PCA图中所见，标签从字面上说明了每个点是哪个样本。 我理想的输出将是两列txt文件，其中一列为示例名称，另一列为该文件所属的组。

除此之外，如果有更好的方法，请告诉我。

提前致谢。

这是我的大部分数据：

              a        b       c       b      e
Sample_1013 312011  624559  625898  534309  220415

Sample_1046 474774  949458  951145  843049  366136

Sample_104  645363  1290450 1292520 919474  272200

Sample_1057 267319  534685  535294  690574  422645

Sample_106  414065  830571  834527  657354  234130

Sample_107  299289  602483  603756  566256  262153

Answer 1

在我的问题中，聪明是我的kmeans的输出名称：

clust <- kmeans(pca$x[,1:2], centers=2)$cluster

我在终端中输入clust，并得到了属于每个组的样本：

> clust
Sample_1013     Sample_1046      Sample_104     Sample_1057      Sample_106      Sample_107 
          1               1               1               1               1               1 
Sample_1098      Sample_109     Sample_1109     Sample_1129     Sample_1130     Sample_1140 
          1               1               1               1               1               1 
Sample_1149      Sample_115      Sample_118     Sample_1220     Sample_1223     Sample_1225 
          1               1               1               1               1               1 

希望这对某人有帮助。