如何基于 SIMPROF 绘制带有彩色/符号点的 nmds

Question

嗨，所以我正在尝试绘制我在 R 中的布雷-柯蒂斯相异矩阵中的组合数据的 nmds。我已经能够应用 ordielipse(),ordihull() 甚至根据由 cutree 创建的组因素更改颜色() 的一个 hclst()

例如使用素食包中的沙丘数据

data(dune)
Dune.dis <- vegdist(Dune, method = "bray)
Dune.mds <- metaMDS(Dune, distance = "bray", k=2)

#hierarchical cluster
clua <- hclust(Dune.dis, "average")
plot(clua, hang = -1)
# set groupings
rect.hclust(clua, 4)
grp <- cutree(clua, 4)

#plot mds
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5)

#show groupings
ordielipse(Dune.mds, group = grp, border =1, col ="red", lwd = 3)

甚至只是按可爱的颜色给点上色

colvec <- c("red2", "cyan", "deeppink3", "green3")
colvec[grp]
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5) #or use type = "points"
points(P4.mds, col = colvec[c2], bg =colvec[c2], pch=21)

但是，我真正想做的是使用“clustsig”包使用 SIMPROF 函数，然后根据重要分组为点着色——这更像是一种技术编码语言——我相信有一种方法可以创建一串因素，但我相信有更有效的方法来做到这一点

到目前为止，这是我的代码：

simp <- simprof(Dune.dis, num.expected = 1000, num.simulated = 999, method.cluster = "average", method.distance = "braycurtis", alpha = 0.05, sample.orientation = "row")
#plot dendrogram    
simprof.plot(simp, plot = TRUE)

现在我只是不确定下一步如何使用 SIMPROF 定义的分组来绘制 nmds - 我如何使 SIMPROF 结果成为一个因子字符串，而无需自己亲自输入它？

提前致谢。

Answer 1

您写道，您知道如何使用cutree从hclust对象获取颜色。 然后阅读clustsig::simprof的文档。 这表示simprof在其结果对象中返回一个hclust对象。 它还返回numgroups ，这是建议的簇数。 现在您拥有了使用您已经知道的cutree hclust所需的所有信息。 如果您的simprof结果称为simp ，请使用cutree(simp$hclust, simp$numgroups)提取与clustsig::simprof结果对应的整数向量，并将其用于颜色。

我从未使用过simprof或clustsig ，但我从其文档中收集了所有这些信息。