[英]awk finds first match, not all matches in line
我正在尝试在文件中搜索模式(字符串)。 我想打印线条和线条中找到图案的位置。
到目前为止,我能够找到我的模式的第一个字母的第一次出现。
但我想找到整个模式的所有出现
#!/bin/bash
file=$1
awk -v s="$2" 'i=index($0, s){print "line: " NR, "pos: " i}' "$file"
$ ./search.sh test.txt GA
1 GAGAGAGAGA
2 CTCTCTCTCT
3 TATATATATA
4 CGCGCGCGCG
5 CCCCCCCCCC
6 GGGGGGGGGG
7 AAAAAAAAAA
8 TTTTTTTTTT
9 TGATTTTTTT
10 CCCCCCCCGA
当我用 test.txt 运行上面的命令行调用时,打印的结果是:
line: 1 pos: 1
line: 4 pos: 2
line: 6 pos: 1
line: 9 pos: 2
line: 10 pos: 9
这显然只是G的第一场比赛。
有什么办法可以稍微修改我的 awk 命令,还是我在思考一个完全错误的方向?
遵循 awk 可能会对您有所帮助。
cat search.sh
Input_file="$1"
text_to_be_searched="$2"
awk -v var="$text_to_be_searched" '{
while($0){
match($0,var);
q=q?q+length(var):RSTART;
if(RSTART){
val=val? val "," q:"Line:"NR FS "pos:" q;
$0=substr($0,RSTART+RLENGTH);
}
else{
if(val){
print val};
q=val="";
next
}
};
print val;
q=val=""
}
END{
if(val){
print val
}}
' "$Input_file"
./search.sh test.txt GA
输出如下。
Line:1 pos:1,3,5,7,9
Line:9 pos:2
Line:10 pos:9
使用 Grep
测试.txt
GAGAGAGAGA
CTCTCTCTCT
TATATATATA
CGCGCGCGCG
CCCCCCCCCC
GGGGGGGGGG
AAAAAAAAAA
TTTTTTTTTT
TGATTTTTTT
CCCCCCCCGA
搜索.sh
#!/bin/bash
while read -r line; do
((++i))
echo "$line" | grep -bon "$2" | sed -r "s@^([0-9]+):([0-9]+):.*@Line: $i, Position: \2@g"
done < "$1"
输出
darby@Debian:~/Scrivania$ bash search.sh test.txt GA
Line: 1, Position: 0
Line: 1, Position: 2
Line: 1, Position: 4
Line: 1, Position: 6
Line: 1, Position: 8
Line: 9, Position: 1
Line: 10, Position: 8
darby@Debian:~/Scrivania$
笔记
位置索引从零开始。
用perl
$ perl -lne 'while(/GA/g){print "line: $. pos: $-[0]"}' ip.txt
line: 1 pos: 0
line: 1 pos: 2
line: 1 pos: 4
line: 1 pos: 6
line: 1 pos: 8
line: 9 pos: 1
line: 10 pos: 8
$ perl -lne 'while(/GA/g){print "line: $. pos: ", $-[0]+1}' ip.txt
line: 1 pos: 1
line: 1 pos: 3
line: 1 pos: 5
line: 1 pos: 7
line: 1 pos: 9
line: 9 pos: 2
line: 10 pos: 9
来自perldoc
$-[0] 是最后一次成功匹配开始的偏移量
$. 最后访问的文件句柄的当前行号。
while(/GA/g)
遍历所有匹配项
传递变量
$ s='GAT' perl -lne 'while(/$ENV{s}/g){print "line: $. pos: $-[0]"}' ip.txt
line: 9 pos: 1
另请参阅: 如何在 Perl 中找到正则表达式匹配的位置?
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