在Docker容器中安装R软件包时缺少'aclocal-1.14'

Question

我正在尝试使用最新的生物导体映像release_core2构建docker容器时安装package flowDensity 。 我收到以下错误：

错误：依赖项“ rgeos”，“ flowWorkspace”不可用于程序包“ flowDensity”

我可以通过在dockerfile中添加apt-get install libgeos-dev来解决第一个问题。 但是，第二个比较棘手。 它归结为RProtoBufLib软件包，它是cytolib的依赖关系，因此也是flowWorkspace的依赖关系。 安装RProtoBufLib时收到以下错误：

config.status: error: cannot find input file: `config.h.in'
CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd . && /bin/bash /tmp/Rtmpro4BMN/R.INSTALL65e11754ab1d/RProtoBufLib/src/protobuf-2.6.0/missing aclocal-1.14 -I m4
/tmp/Rtmpro4BMN/R.INSTALL65e11754ab1d/RProtoBufLib/src/protobuf-2.6.0/missing: line 81: aclocal-1.14: command not found
WARNING: 'aclocal-1.14' is missing on your system.
         You should only need it if you modified 'acinclude.m4' or
         'configure.ac' or m4 files included by 'configure.ac'.
         The 'aclocal' program is part of the GNU Automake package:
         <http://www.gnu.org/software/automake>
         It also requires GNU Autoconf, GNU m4 and Perl in order to run:
         <http://www.gnu.org/software/autoconf>
         <http://www.gnu.org/software/m4/>
         <http://www.perl.org/>
make: *** [aclocal.m4] Error 127
Makefile:407: recipe for target 'aclocal.m4' failed

我发现了这个问题 ，但是在构建Docker容器时我不知道该如何解决。 欢迎任何建议。 谢谢！

Answer 1

我已经在本地环境上重新创建了您的问题。 问题是您没有安装automake，autoconf和libtoolize。

这些是我的install.R和Dockerfile脚本。

install.R：

install.packages( c('RProtoBufLib', 'flowDensity'), dependencies = TRUE, repos = c('http://bioconductor.org/packages/3.6/bioc', 'https://cloud.r-project.org') )

Dockerfile：

FROM bioconductor/release_core2

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
          libgeos-dev ed \
          automake autoconf libtool \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

ADD install.R /tmp

RUN Rscript /tmp/install.R \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
    && rm -rf /usr/share/info/* \
    && rm -rf /usr/share/man/* \
    && rm -rf /usr/share/doc/* \
    && rm -rf /var/lib/dpkg/info

为了构建项目，我执行了以下命令：

docker build -t rbiotest .

注意：构建时间似乎是永恒的。