使用MySQLdb插入MySQL-python

Question

https://drive.google.com/open?id=1aQkJYojDNMjNjJYlggxbkTq-KmzALDDb

我有这个文件（citations.dmp），我正在尝试插入由|分隔的数据 使用以下代码将其导入mysql数据库：

import MySQLdb

file = open('citations.dmp', 'r').readlines()
list = []
for x in file:
    a = str(x.replace('\t', ''))
    a = str(a).split('|')
    a.pop(len(a) - 1)
    list.append(a)

db = MySQLdb.connect(
    host='127.0.0.1',
    user='root',
    passwd='',
    db='tururu'

)

c = db.cursor()


print('Inserting...')

query = """ INSERT INTO `citations` (`cit_id`,`cit_key`,`pubmed_id`,`medline_id`,`url`,`text`,`taxid_list`)
            VALUES (%s,%s,%s,%s,%s,%s,%s)           
        """

c.executemany(query, list)
db.commit()

db.close()

该表具有以下格式：

CREATE TABLE `citations` (
                  `cit_id` VARCHAR(200) NULL,
                  `cit_key` VARCHAR(200) NULL,
                  `pubmed_id` VARCHAR(200) NULL,
                  `medline_id` VARCHAR(200) NULL,
                  `url` LONGTEXT NULL,
                  `text` LONGTEXT NULL,
                  `taxid_list` LONGTEXT NULL);

由于某种原因，我每次都会收到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/lucas/PycharmProjects/bruno/tst.py", line 27, in <module>
    c.executemany(query, list)
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\MySQLdb\cursors.py", line 281, in executemany
    self._get_db().encoding)
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\MySQLdb\cursors.py", line 306, in _do_execute_many
    v = values % escape(arg, conn)

TypeError: not all arguments converted during string formatting

你能帮助我吗？ 我在过去的3天里试图修复它。

Answer 1

您的导入文件中的这一行存在问题：

  5384    |       Associate Editor IJSEM (2001) (Trichlorobacter thiogenes)       |       0       |       0       |                     |       Associate Editor, IJSEM \"Validation List no. 78 (footnote ||).\" Int. J. Syst. Evol. Micr      obiol. (2001) 51:1-2. (Note: type strain information) |       115783  |

它分为9个字段。 您的插入查询的格式字符串仅预期为7。您需要在文件解析中添加一些验证，以确保您推送到大导入列表中的子列表（代​​码中的list变量）始终完全有7个元素，并且相应地处理异常-如果该行的列太少，则忽略该列或使用默认值填充（如果该列太多），则确定哪个是正确的。

我相信在这种特殊情况下，问题是由定界符| 不能像出现在footnote ||那样出现在字符串中 。 您可以通过添加一些正则表达式逻辑来过滤掉此类异常来解决它。