bash脚本和awk对文件进行排序

Question

所以我有一个针对uni的项目，但我无法完成第一个练习。 这是我的问题：我有一个文件，我想在其中选择一些数据并将其“显示”在另一个文件中。 但是我要查找的数据有点分散在文件中，因此我需要在脚本中使用几个awk命令来获取它们。

Query= fig|1240086.14.peg.1

Length=76
                                                                  Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

 fig|198628.19.peg.2053                                              140     3e-42


> fig|198628.19.peg.2053
Length=553

在图片上的这里，您可以看到“ Length =”有两种类型，我只想“捕获”紧接在“ Query =“之后的“ Length =”。 我必须使用awk，所以我尝试了这个：

 awk '{if(/^$/ && $(NR+1)/^Length=/) {split($(NR+1), b, "="); print b[2]}}'

但这是行不通的...有人有想法吗？

Answer 1

awk解决方案：

awk '/^Length=/ && r~/^Query/{ sub(/^[^=]+=/,""); printf "%s ",$0 }
     NF{ r=$0 }END{ print "" }' file

---

• NF{ r=$0 } -捕获整个非空行
• /^Length=/ && r~/^Query/ -在遇到以Query开始的前一行的Length行时（由r~/^Query/确保）

Answer 2

您需要了解Awk的工作方式。 它读取一行，评估脚本，然后重新开始，一次读取一行。 因此，没有办法说“下一行包含此内容”。 您可以做的是“如果此行包含，请记住这一点，直到...”

awk '/Query=/ { q=1; next } /Length/ && q { print } /./ { q=0 }' file

当我们看到Query= ，会将标志q为1（true），然后跳到下一行。 如果我们看到Length ，并且最近看到Query=则q将为1，因此我们进行打印。 在其他情况下，请在任何非空行上将q设置回“最近未见”。 （我将非空条件置于允许在任何地方空行而不会影响整体逻辑的位置。）

Answer 3

听起来这是您要在问题的第一部分中得到的：

$ awk -F'=' '!NF{next} f && ($1=="Length"){print $2} {f=($1=="Query")}' file
76

但是idk第二部分是关于什么的，因为您输入的内容中没有“数据”行，而从样本输入中只能看到1个有效的输出，这是我能告诉的最好的。