tryCatch出错

Question

我有一个代码，其中使用for循环读取和分析文件列表。 由于我必须分析几个文件，我想使用tryCatch来打印引发问题的文件的名称。 我的文件存在的一个常见问题是列名称是错误的，我的意思是，它会出现在文件中：

ID; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"

代替

ID; date; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"

这显然会引发错误，因为列名的数量与列数不匹配。

为了检测这个错误，我正在做以下代码：

  for (i in 1:length(files)){
    tryCatch({
    name<-as.character(files[i])
    dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    error<-function(e){
    print("error in file",files[i])
    })

其中files是所分析文件名称的列表。

所以，我正在尝试打印导致麻烦的文件名。

我的代码获得的回溯是：

3.stop("bad handler specification") 
2.tryCatch({
    name <- as.character(files[i])
    dat <- read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", 
        comment.char = "") ... 
1.data_function(files) 

我以前从未使用过tryCatch，所以可能是一个条件问题，但我不确定。

谢谢！

更新

我有一个新的代码是：

  for (j in 1:length(files)){

    name<-as.character(files[j])

    possibleError<-tryCatch({
        dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    warning = function(w) {
        print(paste("Warning:", w, "in file:", name))
    },
    error<-function(e){
        print(paste("Error:", e, "in file:",name))
    },
    finally = {
        print(paste("End proc. :", name))
    }
    )


    if(!inherits(possibleError, "error")) {

        # do things
    }
    else{next}
}

因为我想检测有错误的文件，还要继续循环。

问题是它不会继续循环，因为其中一个文件中存在错误，并且错误打印也不起作用，如您所见：

[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156062.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156063.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156064.txt"
 Show Traceback

 Rerun with Debug
 Error in read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", comment.char = "") : 
  duplicate 'row.names' are not allowed  

[1]"End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156065.txt"

Answer 1

由于tryCatch的拼写error参数，您收到“错误的处理程序规范”错误。 Only =可用于指定参数名称，例如

tryCatch(stop("no"), error = function(e) cat("Error: ",e$message, "\\n"))

这也是错误未被发现的原因。 请注意，按名称指定参数与赋值（创建绑定）不同。 在后者中，你可以使用<- （它有时是首选，因为它表明它是一个赋值）以及= 。 在前者中，您只能使用= 。

Answer 2

不是tryCatch解决方案。 循环遍历文件名，检查它是否存在，然后检查数据帧是否具有正确的名称。 像这样的东西（未经测试）：

myList <- lapply(myFiles, function(i){
  if(file.exists(i)){
    res <- paste(i, "File doesn't exist.")
  } else {
    res <- read.table(i)
    if(!identical(colnames(res), c("ID", "date", "close", "description")){
      res <- paste(i, "File wrong columns")
    }
  }
  #return
  res
}))

然后我们可以将数据框和错误消息分离到不同的列表：

# my dataframes with correct column names
myListDF <- myList[ sapply(myList, is.data.frame) ]

# failed files
myListErrors <- myList[ !sapply(myList, is.data.frame) ]