[英]Violin plot from summary data
我想使用小提琴图以以下格式(年份为现在)来可视化按地点(A和B)和按世纪的考古文物数量:
Year SiteA SiteB
22400 356 182
22500 234 124
22600 144 231
22700 12 0
...
24800 112 32
总共有约6000件文物。 在ggplot2中,对于小提琴图来说,似乎首选的数据输入格式是每观察一次(伪像)一行。
Site Year
A 22400
A 22400
... (356 times)
A 22400
B 22400
B 22400
... (182 times)
A 22500
A 22500
... (234 times)
A 22500
... ... ... (~5000 lines)
B 24800
B 24800
... (32 times)
B 24800
有没有一种有效的方法可以将摘要数据框(第一个灰色框)转换为逐个观察数据框(第二个灰色框)以用于小提琴图?
或者,是否有一种方法可以根据第一个灰色框中格式设置的数据制作小提琴图?
更新 :
使用eipi10提供的答案,如果站点A或B的伪像为零(如上述22700年的更新示例),则会出现以下错误:
Error in data.frame(Year = rep(dat$Year[i], dat$value[i]), Site = dat$key[i]) :
arguments imply differing number of rows: 0, 1
情节看起来像这样:
这个怎么样:
library(tidyverse)
dat = read.table(text="Year SiteA SiteB
22400 356 182
22500 234 124
22600 144 231
24800 112 32", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
dat = gather(dat, key, value, -Year)
dat.long = data.frame(Year = rep(dat$Year, dat$value), Site=rep(dat$key, dat$value))
ggplot(dat.long, aes(Site, Year)) +
geom_violin()
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