解析HL7 v2并转换为JSON / XML

Question

我需要使用python处理HL7 v2.5（OUL_R22）消息的内容 （比例：10个单条消息以及更多）。 为此，我正在解析HL7消息。 最初，我使用python包HL7apy转换为JSON（请参阅Stack：从HL7到JSON转换 ）。 输出看起来不错，但是在处理过程中发生了一些错误/错误，而且确实很慢。 因此，我尝试了将Java库HAPI转换为XML（请参见堆栈：将HL7 v2转换为JSON ）。 使用包xmltodict可以将XML文件作为dict读取。 与HL7apy相比，转换速度快了50倍。 但是输出的结构不一致/异质。 HAPI以某种方式将段包装到新的组中，例如OUL_R22.SPECIMEN / .ORDER / .RESULT 。 问题是：

HAPI是否可以产生平面输出或长度等于输入段唯一出现长度的数组？ 还是可以在某个地方添加“保留原始结构”？

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为了使事情更清楚：我需要处理OBX段的内容。

输入如下所示：

MSH|...
PID|...
PV1|...
SPM|...
OBR|...
ORC|...
NTE|...
NTE|...
TQ1|...
OBX|...
OBX|...
...

输出的结构如下所示（当然是XML）：

OUL_R22
    MSH
    OUL_R22.PATIENT
    OUL_R22.VISIT
    OUL_R22.SPECIMEN
        OUL_R22.ORDER
            OUL_R22.TIMING_QTY
                ...
            OUL_R22.RESULT
                OBX
            OUL_R22.RESULT
                OBX

有时是这样的：

OUL_R22
    ...
    OBX

或像这样：

OUL_R22
    ...
    OUL_R22.SPECIMEN
        OBX

这确实是不一致的。

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我想要的是这样的：

OUL_R22
    MSH
    PID
    ...
    OBX

或像这样：

[
    {
        "MSH": [],
        "PID": [],
        ...
        "OBX": [],
        ...

Answer 1

到目前为止的解决方案：

设置Mirth Connect服务器以接收和转换HL7 v2.x消息。

Answer 2

这些组是HL7语法的基本组成部分-我一直对Mirth和其他接口引擎感到困惑，他们在使用HL7v2的语法中忽略了它们。

OBR / OBX组合具有很多组，因为两者之间存在很多嵌套关系。 例如，OBR之后的NTE整体适用于OBR，但每个OBX之后的NTE分别适用于该OBX。

这就是HL7规范中的外观。

因此，引用诸如OBSERVATION [0] .NTE [0]之类的东西可以为您提供所需的确切信息。 据我所知， Mirth强迫您编写代码以解决这一问题 。

归根结底，解决您认为合适的问题，但是背离标准可能会背对背咬您。