解析HL7 v2並轉換為JSON / XML

Question

我需要使用python處理HL7 v2.5（OUL_R22）消息的內容 （比例：10個單條消息以及更多）。 為此，我正在解析HL7消息。 最初，我使用python包HL7apy轉換為JSON（請參閱Stack：從HL7到JSON轉換 ）。 輸出看起來不錯，但是在處理過程中發生了一些錯誤/錯誤，而且確實很慢。 因此，我嘗試了將Java庫HAPI轉換為XML（請參見堆棧：將HL7 v2轉換為JSON ）。 使用包xmltodict可以將XML文件作為dict讀取。 與HL7apy相比，轉換速度快了50倍。 但是輸出的結構不一致/異質。 HAPI以某種方式將段包裝到新的組中，例如OUL_R22.SPECIMEN / .ORDER / .RESULT 。 問題是：

HAPI是否可以產生平面輸出或長度等於輸入段唯一出現長度的數組？ 還是可以在某個地方添加“保留原始結構”？

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為了使事情更清楚：我需要處理OBX段的內容。

輸入如下所示：

MSH|...
PID|...
PV1|...
SPM|...
OBR|...
ORC|...
NTE|...
NTE|...
TQ1|...
OBX|...
OBX|...
...

輸出的結構如下所示（當然是XML）：

OUL_R22
    MSH
    OUL_R22.PATIENT
    OUL_R22.VISIT
    OUL_R22.SPECIMEN
        OUL_R22.ORDER
            OUL_R22.TIMING_QTY
                ...
            OUL_R22.RESULT
                OBX
            OUL_R22.RESULT
                OBX

有時是這樣的：

OUL_R22
    ...
    OBX

或像這樣：

OUL_R22
    ...
    OUL_R22.SPECIMEN
        OBX

這確實是不一致的。

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我想要的是這樣的：

OUL_R22
    MSH
    PID
    ...
    OBX

或像這樣：

[
    {
        "MSH": [],
        "PID": [],
        ...
        "OBX": [],
        ...

Answer 1

到目前為止的解決方案：

設置Mirth Connect服務器以接收和轉換HL7 v2.x消息。

Answer 2

這些組是HL7語法的基本組成部分-我一直對Mirth和其他接口引擎感到困惑，他們在使用HL7v2的語法中忽略了它們。

OBR / OBX組合具有很多組，因為兩者之間存在很多嵌套關系。 例如，OBR之后的NTE整體適用於OBR，但每個OBX之后的NTE分別適用於該OBX。

這就是HL7規范中的外觀。

因此，引用諸如OBSERVATION [0] .NTE [0]之類的東西可以為您提供所需的確切信息。 據我所知， Mirth強迫您編寫代碼以解決這一問題 。

歸根結底，解決您認為合適的問題，但是背離標准可能會背對背咬您。