R中的write.table创建txt文件，然后错误读取

Question

因此，我在MethylKit中工作，该工具具有必须使用txt文件的功能。

我的数据原始文件运行正常，但是由于其他一些问题，我正在通过创建原始文件的子集来进行故障排除。

为此，我正在使用：

write.table(head(Sample_101, n=100),"shorty_101.txt", col.names = FALSE, 
sep = "\t", row.names = TRUE)

起初，我遇到了R转换列名的问题，上面的代码行很好地解决了该问题。 但是，当我尝试将txt文件放入file.listshorty对象中，该对象随后将用于methRead函数时，我得到了：

file.listshorty <- list("shorty_101.txt","shorty_102.txt", "shorty_103.txt", 
                    "shorty_104.txt", "shorty_105.txt", "shorty_107.txt")


myobjS = methRead(file.listshorty, sample.id=list("Sample_101_GDM", 
"Sample_102_GDM", "Sample_103_GDM", "Sample_104_nonGDM", 
"Sample_105_nonGDM", "Sample_107_nonGDM"), assembly = "hg19", 
treatment=c(1,1,1,0,0,0), context="CpG", dbtype = "tabix", pipeline = "amp", 
header= TRUE, skip = 0, sep = "\t", resolution = "base", dbdir = getwd(), 
mincov = 10)

Error in data[, 5] * data[, 6] : non-numeric argument to binary operator

但是，当我打开由R创建的这些txt文件并删除添加到其中的无关紧要的东西，然后读入它们时，它就可以工作了...

要澄清->删除了行编号列和命名列V1，V2，V3 ... V7的行。

 V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7
1
2
3
4
5

我也尝试做：

write.table(head(Sample_101, n=100), "shorty_101.txt", col.names = FALSE, 
sep = "\t", row.names = FALSE)

它给了我同样的错误信息。 我假设这是因为第一行需要表示为标题，但不确定如何使用列表功能或是否还有其他解决方法。

任何帮助深表感谢！

谢谢！

Answer 1

弄清楚了！ 您必须通过在write.table函数中添加参数quote = FALSE来write.table txt文件中创建的引号。

write.table(head(Sample_101, n=100), "shorty_101.txt", col.names = FALSE, sep 
= "\t", row.names = FALSE, quote = FALSE)