rgdal“gdal-config”中的配置错误

Question

我目前正在 Linux 集群上的 R 中运行一些物种分布建模和丰富度映射。 为了运行我的分析，我需要安装 rgdal 以便我的建模包中的栅格函数正常工作。 我已经安装了 proj4 和 gdal。 但是，当我尝试安装 rgdal 时，我收到一条错误消息：

checking for gdal-config... no
no

configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'

这是我用来安装 rgdal 包的命令：

install.packages("rgdal", configure.args=c("--with-proj-include=/home/nikhail1/bin/proj-4.9.2/bin", "--with-proj-lib=/home/nikhail1/bin/proj-4.9,2/lib"))

然而，尽管 gdal-config 错误，gdal 似乎安装到我的本地系统上（二进制和库文件夹存在于我安装它们的地址中）。 在 gdal 安装过程中，我也没有看到任何错误消息。 为什么会发生此错误？ 如何让 R 识别安装了此依赖项，或者确实存在问题，我如何识别它？ 我在网上找到的大多数解决方案都特定于我没有使用的 Debian 和 Ubuntu 系统。 我无权使用 sudo apt-get 或 yum 命令。 因为我只安装了 proj 4.9.2，所以我缺少 gdal 的任何依赖项吗？

我是 linux 系统以及 rgdal 和 gdal 包的新手。

非常感谢您的帮助

亲切的问候，

尼哈伊尔

Answer 1

在 Linux 上的 R 中安装 RGDAL

在 R 中运行此命令：

# install package from CRAN
# but specify the library director
# the download method
# and the configuration arguments
# to allow for source installs
install.packages( pkgs = "rgdal"
                    , lib = "./R_Packages"
                    , method = "curl"
                    , configure.args = c(
                                   "--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config"
                                   , "--with-proj-include=/p/home/bin/proj4/include"
                                   , "--with-proj-lib=/p/home/bin/proj4/lib"
                                     ) 
      )

答案来自在 LINUX 系统上安装 rgdal 的交叉引用错误？ 和安装 rgdal 时遇到问题。

Answer 2

所以我终于通过在install.packages命令中添加 gdal-config 文件的目录解决了这个问题。

非常感谢您的帮助，尼哈伊尔

Answer 3

我可以通过首先通过终端安装“gdal”和“proj”库来解决 CentOS 7 系统上的类似问题 -

sudo yum install gdal*
sudo yum install proj*

然后在install.packages命令中设置配置参数如下-

install.packages( pkgs = "rgdal", 
                         configure.args = c("--with-proj=/bin", "--with-gdal=/bin"),
                         dependencies=TRUE)

在这种情况下，'gdal' 和 'proj' 库都安装在 root/bin 文件夹中。 尽管错误输出显示“未找到 gdal-config”，但最终不需要配置文件。

Answer 4

我按照以下步骤操作：

1. 我通过 Anaconda 安装了 python；
2. 在我打开 Linux 终端并运行 sudo apt install libmysqlclient-dev 之后；
3. 然后我运行 sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev;
4. 最后，我运行了 R install.packages("rgdal");