[英]Couple a function inside mutate dplyr r: Calculate second derivative
我想对所有数据grouped_by(id)
计算以下公式
$$\frac{y''}{((1+(y')^2)^{3/2}}$$
我陷入了通过mutate传递函数的困境,因为它给了我不相等的列大小。
样本数据为:
require(dplyr)
df<-data.frame(Time=seq(65),
SkinTemp=rnorm(65,37,0.5),
id=rep(1:10,c(5,4,10,6,7,8,9,8,4,4)))
一阶导数(确定):
df <-df %>% group_by(id) %>% filter(n() > 1) %>%
mutate(first_d = SkinTemp - lag(SkinTemp))
df<-as.data.frame(df) #Back to data frame
二阶导数(卡住):
drv <- function(x, y) diff(y) / diff(x) #Defined this to pass to mutate
middle_pts <- function(x) x[-1] - diff(x) / 2
second_d <-df %>% group_by(id) %>%
mutate(second_d = drv(middle_pts(Time), drv(Time, SkinTemp)))
diff
返回一个长度比原始vector
短一向量的vector
。 函数mutate
要求列返回相同的长度。 因此,我们需要对NA
或选择值做一些补充
drv <- function(x, y) c(NA, (diff(y) /diff(x)))
middle_pts <- function(x) c(NA, (x[-1] - diff(x) /2))
现在,OP的代码应该可以正常工作
df %>%
group_by(id) %>%
mutate(second_d = drv(middle_pts(Time), drv(Time, SkinTemp)))
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