调整igraph图的可视化

Question

在这里进行讨论之后，我使用igraph可视化两个变量（ s和g ）之间的关联。

在外壳中：

$ cat file
s   g
s1  foo bar
s2  foo bar baz qux
s99 foo
s9999   foo bar baz qux
s99999  foo
s999999 foo

在R ：

m <- as.matrix(read.table(file="~/path_to_file/file", sep="\t", header=T))
g <- graph_from_edgelist(m)
V(g)$type <- bipartite.mapping(g)$type
coords <- layout_as_bipartite(g)
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=10,
    vertex.size2=1,
    vertex.color=NA,
    vertex.frame.color=NA,
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=3,
    asp=5)

但是，所得到的可视化效果具有顶点标签和边缘重叠，从而使前者难以阅读。

我想调整R代码，以使所有顶点标签都移离顶点中心（即s顶点标签移到左侧， g顶点标签移到右侧），并且所有顶点标签都向左对齐（并且不居中（默认情况下）。

我可以通过igraph吗？ （如果不可能的话，您会建议使用R另一种可视化策略吗？）

-

编辑1 ：一个有效的解决方案将能够处理具有众多顶点的文件，例如file2 ：

在外壳中：

$ cat file2
s   g
foo1    bar01 baz qux
foo2    bar1 baz qux
foo3    bar1 baz qux
foo4    bar1 baz qux
foo5    bar1 baz qux
foo6    bar1 baz qux
foo7    bar1 baz qux
foo8    bar1 baz qux
foo9    bar1 baz qux
foo10   bar1 baz qux
foo11   bar02 baz
foo12   bar2 baz
foo13   bar2 baz
foo14   bar2 baz
foo15   bar2 baz
foo16   bar2 baz
foo17   bar2 baz
foo18   bar2 baz
foo19   bar2 baz
foo20   bar2 baz
foo21   bar03 baz baz qux
foo22   bar3 baz baz qux
foo23   bar3 baz baz qux
foo24   bar3 baz baz qux
foo25   bar3 baz baz qux
foo26   bar3 baz baz qux
foo27   bar3 baz baz qux
foo28   bar3 baz baz qux
foo29   bar3 baz baz qux
foo30   bar3 baz baz qux
foo31   bar04 baz baz qux quux
foo32   bar4 baz baz qux quux
foo33   bar4 baz baz qux quux
foo34   bar4 baz baz qux quux
foo35   bar4 baz baz qux quux
foo36   bar4 baz baz qux quux
foo37   bar4 baz baz qux quux
foo38   bar4 baz baz qux quux
foo39   bar4 baz baz qux quux
foo40   bar4 baz baz qux quux
foo41   bar05 baz qux quux
foo42   bar5 baz qux quux
foo43   bar5 baz qux quux
foo44   bar5 baz qux quux
foo45   bar5 baz qux quux
foo46   bar5 baz qux quux
foo47   bar5 baz qux quux
foo48   bar5 baz qux quux
foo49   bar5 baz qux quux
foo50   bar5 baz qux quux
foo51   bar06 baz qux
foo52   bar6 baz qux
foo53   bar6 baz qux
foo54   bar6 baz qux
foo55   bar6 baz qux
foo56   bar6 baz qux
foo57   bar6 baz qux
foo58   bar6 baz qux
foo59   bar6 baz qux
foo60   bar6 baz qux
foo61   bar07 baz qux quux
foo62   bar7 baz qux quux
foo63   bar7 baz qux quux
foo64   bar7 baz qux quux
foo65   bar7 baz qux quux
foo66   bar7 baz qux quux
foo67   bar7 baz qux quux
foo68   bar7 baz qux quux
foo69   bar7 baz qux quux
foo70   bar7 baz qux quux

即使实施G5W建议的改进（即，分别调整每个顶点的顶点宽度；请参见变量Size1 ），结果图仍然很难（或几乎不可能）可视化。 具体而言，在长宽比，顶点高度和顶点宽度之间似乎没有最佳点。

在R ：

Size1 = 12*nchar(V(g)$name)
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=Size1,
    vertex.size2=5,
    vertex.color=NA,
    vertex.frame.color="green",
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=3,
    asp=2.5
    )

Answer 1

这里最大的问题是您的顶点大小。 您可以通过更改当前的plot语句使其具有vertex.frame.color="green"来看到。 如果这样做，您将看到矩形顶点是文本下方的一个小点。 如果存在包含文本的完整大小的顶点，则可以为该顶点使用白色背景，以遮盖文本所在的行。 更改顶点大小时，您可能还需要更改纵横比。

为了使这项工作更好，我根据名称中的文本量使用了不同大小的矩形。 我正在用白色和白色框架填充的顶点显示结果，但是请尝试使用绿色框架（在代码中但已注释掉）来尝试结果，以便您可以看到框的位置。 需要使用这些框来遮盖到达顶点中心的线。

Size1 = 12*nchar(V(g)$name)
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=Size1,
    vertex.size2=30,
    vertex.color=NA,
    ## vertex.frame.color="green",
    vertex.frame.color="white",
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=3,
    asp=1.5)

编辑：根据编辑的问题

对于新的更大的示例，我认为您不会获得真正好的结果，因为您试图在屏幕上挤得太多。 您试图显示堆叠在左侧的70个节点，因此充其量最多只能获得屏幕的1/70-而不是很大的空间。 下面，我减小了字体大小，线宽和边距。 然后，我重新调整了其他参数，以尽可能地挤压屏幕。 这仅勉强令人满意，但我认为如果不从根本上重新设计节点的布局，您将无法获得更多收益。 左栏中根本没有更多空间。

新密码

Size1 = 5.5*nchar(V(g)$name)
par(mar=rep(0.5,4))
plot.igraph(g, layout = -coords[,2:1],
    vertex.shape="rectangle",
    vertex.size=Size1,
    vertex.size2=5,
    vertex.color="white",
#    vertex.frame.color="green",
    vertex.frame.color="white",
    vertex.label.color="black",
    vertex.label.family="sans",
    edge.label.color="white",
    edge.arrow.mode=0,
    edge.width=1,
    asp=2.8,
    vertex.label.cex=0.55, 
    margin=-0.65
    )