[英]Extract diagonal matrix from a given sparse matrix
我想使用RcppEigen
仅提取稀疏矩阵的对角线作为稀疏矩阵。 看起来很容易-在下面可以找到我的尝试,没有一个能达到我想要的结果。 请注意,您尝试5无法编译且无法正常工作。 这是我使用的一些资源。 RCPP画廊 , KDE论坛并在同一职位KDE论坛(2) , 本征稀疏教程和SO 。 感觉像我接近了……也许没有……我会让专家们决定。
// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
#include <RcppEigen.h>
#include <Eigen/SparseCore>
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat1(Eigen::Map<Eigen::SparseMatrix<double> > &X){
// cannot access diagonal of mapped sparse matrix
const int n(X.rows());
Eigen::VectorXd dii(n);
for (int i = 0; i < n; ++i) {
dii[i] = X.coeff(i,i);
}
Eigen::SparseMatrix<double> ans(dii.asDiagonal());
return ans;
}
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat2(Eigen::SparseMatrix<double> &X){
Eigen::SparseVector<double> dii(X.diagonal().sparseView());
Eigen::SparseMatrix<double> ans(dii);
return ans;
}
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat3(Eigen::SparseMatrix<double> &X){
Eigen::VectorXd dii(X.diagonal());
Eigen::SparseMatrix<double> ans(dii.asDiagonal());
ans.pruned(); //hoping this helps
return ans;
}
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat4(Eigen::SparseMatrix<double> &X){
Eigen::SparseMatrix<double> ans(X.diagonal().asDiagonal());
return ans;
}
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat5(Eigen::SparseMatrix<double> &X){
struct keep_diag {
inline bool operator() (const int& row, const int& col, const double&) const
{ return row==col; }
};
Eigen::SparseMatrix<double> ans(X.prune(keep_diag()));
return ans;
}
/***R
library(Matrix)
set.seed(42)
nc <- nr <- 5
m <- rsparsematrix(nr, nc, nnz = 10)
diag_mat1(m)
diag_mat2(m)
diag_mat3(m)
diag_mat4(m)
*/
编辑:添加了每次尝试给出的结果;
> diag_mat1(m)
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] 0 . . . .
[2,] . -0.095 . . .
[3,] . . 0 . .
[4,] . . . 2 .
[5,] . . . . 1.5
> diag_mat2(m)
5 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] .
[2,] -0.095
[3,] .
[4,] 2.000
[5,] 1.500
> diag_mat3(m)
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] 0 . . . .
[2,] . -0.095 . . .
[3,] . . 0 . .
[4,] . . . 2 .
[5,] . . . . 1.5
> diag_mat4(m)
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] 0 . . . .
[2,] . -0.095 . . .
[3,] . . 0 . .
[4,] . . . 2 .
[5,] . . . . 1.5
EDIT2:添加了所需的输出;
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
[1,] . . . . .
[2,] . -0.095 . . .
[3,] . . . . .
[4,] . . . 2 .
[5,] . . . . 1.5
灵感得益于ALEH 答案 ;
Eigen::SparseMatrix<double> diag_mat6(Eigen::Map<Eigen::SparseMatrix<double> > &X){
const int n(X.rows());
Eigen::SparseMatrix<double> dii(n, n);
for (int i = 0; i < n; ++i) {
if (X.coeff(i,i) != 0.0 ) dii.insert(i, i) = X.coeff(i,i);
}
dii.makeCompressed();
return dii;
}
我更喜欢RcppArmadillo,因为它的行为通常比RcppEigen更像R。
对于您的问题,使用RcppArmadillo ,您可以执行以下操作:
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::export]]
arma::sp_mat extractDiag(const arma::sp_mat& x) {
int n = x.n_rows;
arma::sp_mat res(n, n);
for (int i = 0; i < n; i++)
res(i, i) = x(i, i);
return res;
}
如@mtall所建议,您可以简单地使用:
// [[Rcpp::export]]
arma::sp_mat extractDiag3(const arma::sp_mat& x) {
return arma::diagmat(x);
}
如果您真的想在Eigen中执行此操作,请从文档中获得:
// [[Rcpp::export]]
Eigen::SparseMatrix<double> extractDiag2(Eigen::Map<Eigen::SparseMatrix<double> > &X){
int n = X.rows();
Eigen::SparseMatrix<double> res(n, n);
double d;
typedef Eigen::Triplet<double> T;
std::vector<T> tripletList;
tripletList.reserve(n);
for (int i = 0; i < n; i++) {
d = X.coeff(i, i);
if (d != 0) tripletList.push_back(T(i, i, d));
}
res.setFromTriplets(tripletList.begin(), tripletList.end());
return res;
}
我认为您只需要跳过对角线中的零个元素:
for (int i = 0; i < n; ++i) {
if (X.coeff(i,i) != 0.0)
dii[i] = X.coeff(i,i);
}
}
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