将错误栏添加到R中的ggplot2 Boxplot？

Question

alphastats<-summarySE(map, measurevar="shannon", groupvars=c("age_class"))

 age_class      N  shannon        sd         se        ci
1   Non_Smoker 66 5.473424 0.4152997 0.05111986 0.1020934
2   Old_Smoker 47 5.271223 0.6046414 0.08819601 0.1775294
3 Young_Smoker 17 5.324977 0.8682071 0.21057116 0.4463909

嗨，我想在R中的ggplot2箱线图中添加误差线。我为上述数据帧创建了三个组中每个组的必要标准误差数据。

ggplot() + 
geom_boxplot(data=map, aes(x=age_class, y=shannon, fill=age_class), na.rm= TRUE ) + 
theme_bw() + 
geom_jitter(data=map, aes(x=age_class, y=shannon), position=position_jitter(width=0.1)) + 
labs(x="Group", y="Shannon Value") + 
guides(fill=guide_legend(title="Group Type")) + 
annotate("text", x=0.75, y=3.5, size=3, label=paste0("p-value =",alpha_p_round)) + 
geom_errorbar(data=alphastats, aes(ymin=shannon-se, ymax=shannon+se))

当我尝试通过gg_errorbar（）添加错误栏时，出现错误：

“ eval（expr，envir，enclos）中的错误：找不到对象'x'

另外：警告消息：

1：在min（x，na.rm = na.rm）中：

没有min的必填项； 返回Inf

2：在max（x，na.rm = na.rm）中：

没有max的必填项； 返回-Inf

3：在min（diff（sort（x）））中：没有min的必填参数； 返回

信息

有人可以帮我弄清楚我在做什么错吗？

Answer 1

您的示例不可复制，但是根据您提供的示例数据，以下工作有效：

alphastats <- read.table(
    text = " age_class      N  shannon        sd         se        ci
1   Non_Smoker 66 5.473424 0.4152997 0.05111986 0.1020934
2   Old_Smoker 47 5.271223 0.6046414 0.08819601 0.1775294
3 Young_Smoker 17 5.324977 0.8682071 0.21057116 0.4463909", header = T)

library(ggplot2);
ggplot(alphastats, aes(x = age_class, y = shannon)) +
    geom_point() + 
    theme_bw() +
    labs(x = "Group", y = "Shannon Value") +
    guides(fill=guide_legend(title = "Group Type")) +
    geom_errorbar(aes(ymin = shannon - se, ymax = shannon + se))

Answer 2

您尚未在geom_errorbar提供x=age_class ，因此geom_errorbar不知道误差线的x坐标。 如果将x=age_class添加到geom_errorbar ，则代码将起作用。

您也可以稍微缩短代码。 由于geom_errorbar使用与其他两个geoms相同的x和y变量，因此另一个选择是执行ggplot(map, aes(x=age_class, y=shannon)) + ... 这意味着所有geoms将使用map数据帧和age_class和shannon列x和y，分别除非额外的事情。

然后，在geom_errorbar ，您只需为其提供新的数据框以及ymin和ymax美观度即可。 但是，除非您希望geom_errorbar为主ggplot调用中使用的列使用不同的列，否则无需提供x或y美观。

因此，代码将是：

ggplot(map, aes(x=age_class, y=shannon)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=age_class)) + 
  geom_jitter(width=0.1) +   # geom_jitter takes a direct width argument. You can use the `position` argument, but it's not necessary.
  geom_errorbar(data=alphastats, aes(ymin=shannon-se, ymax=shannon+se)) +
  labs(x="Group", y="Shannon Value", fill="Group Type") +  # Note that the fill label has been moved to labs
  annotate("text", x=0.75, y=3.5, size=3, label=paste0("p-value =", alpha_p_round)) +
  theme_bw()

您确定要geom_jitter吗？ 如果您希望shannon的平均值与误差线一致，请使用geom_point 。 如果您希望它们偏移相同的量，请使用position_nudge 。