使用ggplot2在框图中未对齐的点

Question

当我使用带有此数据集运行ggplot2代码时（ 在此处下载 ）...

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) + geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7, lwd=0.5, outlier.shape=NA) + geom_point(position=position_jitterdodge(jitter.width=0),aes(group=Species, colour=Species), alpha=0.5)

我得到这个情节：

看来还好。 如您所见，我们分为三组（红色，绿色，蓝色），各自的观察结果与盒图重叠。

但是，如果我们关注左下角（不存在红色组），则会看到蓝色和绿色点未对齐（在DC1，DC2和DC3中）。 如何编辑代码以解决此问题？

Answer 1

好像geom_boxplot和position_jitterdodge对待NA的方式有所不同...

这是一个（模糊的）解决方法：

1）在df中创建一列，指定点的x位置：

library(ggplot2)
P4L_melt <- read.table('P4L_melt.txt')

P4L_melt$x <- as.numeric(gsub('DC', '', P4L_melt$variable))
P4L_melt$variable <- factor(P4L_melt$variable, levels = paste('DC', unique(P4L_melt$x), sep=''))
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] - 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] + 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.2
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.05

2）使用该列作为geom_point中的x位置

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7, lwd=0.5, outlier.shape=NA) + 
  geom_point(aes(x=x, group=Species, colour=Species), alpha=0.5) 

Answer 2

好的，这是另一种尝试，也许在顶部:)

1）安装最新的ggplot2版本：

install.packages('tidyverse')
library('tidyverse')

2）从我的github下载我的position-dodge2.r及其依赖项position-collide.r的修改版本

3）将这些文件放在项目的工作目录中，然后：

source('position-collide.R')
source('position-dodge2.R')

4）现在这段代码应该给你你想要的！

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7) +
  geom_point(aes(colour=Species), position=position_dodge2(width=0.75), alpha=0.5)