如何使用MPI终止Signal

Question

这是我用C在MPI中编写的第一个程序，该程序应该在15秒内终止，但没有。 它甚至没有通过if（end_now == 1）语句。 有人知道这里发生了什么吗？ 代码简化如下：

int end_now = 0;


void sig_handler(int signo)
{
    if (signo == SIGUSR1) {
        end_now = 1;
        printf ( "  %8d  %8d\n", current_number, current_total);
    }
}

int main ( int argc, char **argv ){
   int id;
   int count;

   MPI_Init (&argc, &argv);
   MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &count);
   MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &id);

   signal(SIGUSR1, sig_handler);


   while (1){
       //MPI_Allreduce is called here to sum up the subtotal calculated by child processes
        if (end_now == 1){
            printf("here\n");  //this "here is never printed out"
            break;
        }
    }
    MPI_Finalize ();
    return 0;
}

我正在使用超时--signal = USR1 15 mpirun.openmpi -np 2 ./a.out在Mac上执行代码。 感谢任何人的帮助。

Answer 1

您正在向mpirun发送信号，而不是向可执行文件发送信号。 由于mpirun本身没有SIGUSR1处理程序，因此不会发生任何事情。

顺便说一句，将信号与MPI程序一起使用并不是您要做的事情。 MPI程序依赖于以锁步方式运行的多个调用，这与信号的异步和按进程性质不匹配。

Answer 2

Sneftel是正确的。 Gilles Gouaillardet也非常正确。 我想添加一些其他信息。

即使您将信号发送到实际程序而不是“ mpirun”，那么也可能仅将信号发送给您的所有进程之一，而不是所有进程。

是的，在MPI程序中信号不正确。 但是，即使您想使用它们，也应该首先调试获取它们的过程以及由谁获取的过程。

将“ printf”直接插入信号处理程序。 打印类似“ MPI进程号％d收到信号”之类的内容，然后将MPI_COMM_RANK插入此printf中。 （UPD 2018-04-27 7:31 MSK：抱歉，我没有注意到您的代码中已经有这样的printf 。）（注意：我认为MPI程序中的“ printf”仅在第一个过程中允许，并且使用“ printf” “在其他进程中可能不是个好主意，但出于调试目的而已。此外，我认为直接从信号处理程序中获取“ printf”是一个坏主意，但出于调试目的也将成为现实。）

您将确定您的进程是否能收到信号，以及哪个信号。

如果您对结果不满意，请尝试使用其他程序代替gtimeout。 例如，GNU Coreutils中的“超时”。 （嗯，这是Mac，我不确定GNU Coreutils是否可以从Mac使用，但我仍然认为您可以找到某些“超时”。）

然后：您没有描述您的设置。 您的MPI程序是在不同的主机上运行还是在一个主机上运行？ MPI“程序”是否真的以单独的程序或线程的形式实现？ 您使用哪个MPI实现和哪个版本？ 如果您不知道MPI如何启动您的流程，至少可以告诉我们，如何安装MPI实施以及如何配置它。

甚至可以完全不使用任何“超时”或“ gtimeout”。 只需在一个控制台中输入以下内容即可：

sh -c 'echo $$ > ~/pid-of-mpirun; exec ~/opt/usr/local/bin/mpirun -np 2 ./a.out'

这将在将其PID存储到〜/ pid-of-mpirun的同时运行“ mpirun”。 并在另一个终端中并行运行（当然，您不需要完全在同一时间运行此命令）：

sleep 15; kill -USR1 $(cat ~/pid-of-mpirun)

这将需要15秒，然后发送USR1来处理〜/ pid-of-mpirun中的PID。

但是所有这一切可能会将USR1发送给“ mpirun”，而不是发送给实际进程（我不确定，测试一下！）。 如何发送到实际流程？ 好吧，您可以阅读手册页中的“ kill”，并尝试了解如何向整个过程组而不是仅向一个过程发送信号。

同样，您可以将PID直接写入C程序内的某个文件中。

例：

#include <stdio.h>
#include <unistd.h> // Mac is one of UNIX systems, so we have unistd.h
// ...
FILE *fout = fopen("~/my-pid", "w"); fprintf(fout, "%d\n", getpid); fclose(fout);

当然，您应该以某种方式确保在不同的过程中创建不同的文件。 例如，从MPI_COMM_RANK生成文件名。

Answer 3

还应将end_now声明为volatile否则编译器可能会优化将永远运行的主循环。

Answer 4

我建议不要在信号处理程序中使用printf，因为printf是不可重入的函数，在某些平台上这可能导致程序崩溃。