如何用哈希在perl中为另一个文件更改名称？

Question

我有一个这样的文件。

>;1;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;2;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;3;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

我想将每个数字更改为相应的字符串。

我编写了以下Perl程序，但我不知道它有什么问题。

%lista2 = (
    1  => "CAT00.3",
    2  => "CAT43.1",
    3  => "CAT40.3"
);

open(OA, ">file2.txt");

foreach $key ( keys %lista2 ) {

    open(SAL, "file.txt");

    while ( <SAL> ) {
        chomp;

        if( />/ ) {

            @w = split("\t");   
            $r = 0;
            s/\;//g;

            if ( /%lista2[i]/ ) {    
                print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;
                $r = 1;
            }
        }
    }
}

close(SAL);
close(OA);

我想要这个

>CAT00.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT43.1
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT40.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

但是我不知道该怎么做。

Answer 1

好吧，我想您的方向正确。 但是沿着这条路的某个地方，我们迷路了，似乎随机地试图朝任何方向奔跑。 您的代码中有很多错误。

例如，有趣的是，如何拥有这两行

        if ( /%lista2[i]/ ) {    
            print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;

进行一次正确的尝试访问具有一个值（ $lista2{$key} ）和一个完全错误的%lista2[i] （ %lista2[i] ），因此%lista2[i]接近。

然后，由于仅在if（ "/$lista2{$key}/" ）上打印到OA ，因此您将彻底消除输出中的所有其他行。 您的示例表明，您不想要那样。

此外，更改循环嵌套。 不必一遍又一遍地打开文件，而是将其打开一次，遍历各行，并在每次此类迭代中遍历哈希键。 您知道，您的方式并非严格错误，但是打开和关闭文件并不便宜。 说到关闭文件：您没有在外部循环的主体中关闭SAL ，但这是您重新打开它的地方。

并至少使用一些非常基本的错误处理。 检查open是否失败。 文件名错误，程序失败，没有任何原因。 让您的生活更轻松。

如果以后再将\\n附加到输出中并重新制作一行，为什么还要使用chomp() ？ 跳过那个。

我不知道如何解释这些行：

        @w = split("\t");   
        $r = 0;
        s/\;//g;

那是一些剩菜吗？ 他们没有做任何有用的事情。

最后但并非最不重要的一点是，建议use strict; 并可能use warnings; 找出问题点的指针。

这是一个通过您的例子的例子。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my %lista2 =
(
  1  => "CAT00.3",
  2  => "CAT43.1",
  3  => "CAT40.3"
);

if (!open(OA, ">file2.txt")) {
 die($!);
}
if (!open(SAL, "file.txt")) {
  die($!);
}

foreach my $line (<SAL>) {
  foreach my $key (keys(%lista2)) {
    if ($line =~ s/^>;$key;$/>$lista2{$key}/) {
      last;
    }
  }
  print(OA $line);
}

close(SAL);
close(OA);

实际上，在核心上它可以简化为模式替换。 无需拆分或任何其他操作。 但是，如果您是初学者，则模式可能会造成混淆。

我还提高了详细程度，以使事情更清楚。