如何用哈希在perl中為另一個文件更改名稱？

Question

我有一個這樣的文件。

>;1;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;2;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>;3;
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

我想將每個數字更改為相應的字符串。

我編寫了以下Perl程序，但我不知道它有什么問題。

%lista2 = (
    1  => "CAT00.3",
    2  => "CAT43.1",
    3  => "CAT40.3"
);

open(OA, ">file2.txt");

foreach $key ( keys %lista2 ) {

    open(SAL, "file.txt");

    while ( <SAL> ) {
        chomp;

        if( />/ ) {

            @w = split("\t");   
            $r = 0;
            s/\;//g;

            if ( /%lista2[i]/ ) {    
                print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;
                $r = 1;
            }
        }
    }
}

close(SAL);
close(OA);

我想要這個

>CAT00.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT43.1
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG
>CAT40.3
AACTCTGGGACAATGGCACACGGGAAACAGATAATGAACGATCAGCACAGGGAACTAGCG

但是我不知道該怎么做。

Answer 1

好吧，我想您的方向正確。 但是沿着這條路的某個地方，我們迷路了，似乎隨機地試圖朝任何方向奔跑。 您的代碼中有很多錯誤。

例如，有趣的是，如何擁有這兩行

        if ( /%lista2[i]/ ) {    
            print OA "$_ $lista2{$key}\n" ;

進行一次正確的嘗試訪問具有一個值（ $lista2{$key} ）和一個完全錯誤的%lista2[i] （ %lista2[i] ），因此%lista2[i]接近。

然后，由於僅在if（ "/$lista2{$key}/" ）上打印到OA ，因此您將徹底消除輸出中的所有其他行。 您的示例表明，您不想要那樣。

此外，更改循環嵌套。 不必一遍又一遍地打開文件，而是將其打開一次，遍歷各行，並在每次此類迭代中遍歷哈希鍵。 您知道，您的方式並非嚴格錯誤，但是打開和關閉文件並不便宜。 說到關閉文件：您沒有在外部循環的主體中關閉SAL ，但這是您重新打開它的地方。

並至少使用一些非常基本的錯誤處理。 檢查open是否失敗。 文件名錯誤，程序失敗，沒有任何原因。 讓您的生活更輕松。

如果以后再將\\n附加到輸出中並重新制作一行，為什么還要使用chomp() ？ 跳過那個。

我不知道如何解釋這些行：

        @w = split("\t");   
        $r = 0;
        s/\;//g;

那是一些剩菜嗎？ 他們沒有做任何有用的事情。

最后但並非最不重要的一點是，建議use strict; 並可能use warnings; 找出問題點的指針。

這是一個通過您的例子的例子。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my %lista2 =
(
  1  => "CAT00.3",
  2  => "CAT43.1",
  3  => "CAT40.3"
);

if (!open(OA, ">file2.txt")) {
 die($!);
}
if (!open(SAL, "file.txt")) {
  die($!);
}

foreach my $line (<SAL>) {
  foreach my $key (keys(%lista2)) {
    if ($line =~ s/^>;$key;$/>$lista2{$key}/) {
      last;
    }
  }
  print(OA $line);
}

close(SAL);
close(OA);

實際上，在核心上它可以簡化為模式替換。 無需拆分或任何其他操作。 但是，如果您是初學者，則模式可能會造成混淆。

我還提高了詳細程度，以使事情更清楚。