将数据集从 R 传递到 C++（使用 .Call）

Question

我需要通过 C++ 加速 R 中的数据处理。 我已经有了我的 C++ 代码，它基本上从 txt 文件中读取 R 应该通过的内容。 由于我需要 R 进行分析，因此我想将我的 C++ 代码集成到 R 中。

C++ 代码需要的是一个（大）数据帧（我使用 std::vector<std::vector> >）和一组参数，所以我正在考虑通过 .Call 接口传递参数，然后处理数据通过以下方式：

• R：用给定的编码在txt文件中写入数据

• C++：从txt读取，做我需要做的事情并将结果写入txt（仍然是数据集-> std::vector）

• R：从txt读取结果

这将避免我重写部分代码。 可能的问题/瓶颈在于阅读/写作，您认为这是一个真正的问题吗？

否则，作为替代方案，通过 .Call 接口将所有数据复制到 C++ 结构中是否合理？

谢谢你。

Answer 1

您可以从RcppExamples包中非常简单的 DataFrame 示例开始：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
List DataFrameExample(const DataFrame & DF) {

    // access each column by name
    IntegerVector a = DF["a"];
    CharacterVector b = DF["b"];
    DateVector c = DF["c"];

    // do something
    a[2] = 42;
    b[1] = "foo";
    c[0] = c[0] + 7; // move up a week

    // create a new data frame
    DataFrame NDF = DataFrame::create(Named("a")=a,
                                      Named("b")=b,
                                      Named("c")=c);

    // and return old and new in list
    return List::create(Named("origDataFrame") = DF,
                        Named("newDataFrame") = NDF);
}

您可以分配向量（来自 Rcpp 或 STL）和矩阵（同样，来自 Rcpp，或者如果您更喜欢嵌套的 STL 向量）。 然后你还可以通过 RcppEigen 和 RcppArmadillo 获得 Eigen 和 Armadillo。 等等 - 您可以研究 CRAN 上的 1350 多个软件包。 Rcpp Gallery 中有大量可立即运行的示例。

Answer 2

来回读取和写入大型数据集并不是在 R 和 C++ 代码之间传递数据的最佳解决方案。 根据您的 C++ 代码执行多长时间，这可能是也可能不是代码中最严重的瓶颈，但应该避免这种方法。

您可以查看以下解决方案以传递 data.frame（或 data.table）对象： 使用 `Rcpp` 和/或 `RcppArmadillo` 将 `data.table` 传递给 C++ 函数

至于传递额外的参数，解决方案将取决于我们所谈论的参数类型。 如果这些只是数值，那么您可以将它们直接传递给 C++（请参阅Rcpp 的高性能函数： http : //adv-r.had.co.nz/Rcpp.html ）。