如何用ggplot（）绘制glht（）置信区间？

Question

使用multcomp包中的glht() ，可以计算出不同处理的置信区间，例如（ source ）：

Simultaneous Confidence Intervals

Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts

Fit: lm(formula = Years ~ Attr, data = MockJury)

Quantile = 2.3749

95% family-wise confidence level
Linear Hypotheses:
                                Estimate  lwr       upr
Average - Beautiful ==      0   -0.3596   -2.2968   1.5775
Unattractive - Beautiful == 0    1.4775   -0.4729   3.4278
Unattractive - Average ==   0    1.8371   -0.1257   3.7999

然后可以使用plot()可视化这些间隔：

是否可以使用ggplot()绘制这些间隔（以保持一致性和美观性）？ 如果是这样，怎么办？

如果没有，是否有解决方法可以使输出类似于ggplot()图表？

Answer 1

如果将confint的输出转换为数据帧，则可以直接在ggplot2中绘制输出。 下面是一个方法（使用glht使用该从帮助文件的例子） tidy函数从broom转换confint()输出到适合于绘制的数据帧：

library(multcomp)
library(tidyverse)
library(broom)

lmod <- lm(Fertility ~ ., data = swiss)

m = glht(lmod, linfct = c("Agriculture = 0",
                          "Examination = 0",
                          "Education = 0",
                          "Catholic = 0",
                          "Infant.Mortality = 0"))

confint(m) %>% 
  tidy %>% 
  ggplot(aes(lhs, y=estimate, ymin=conf.low, ymax=conf.high)) +
    geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") +
    geom_errorbar(width=0.1) + 
    geom_point() +
    coord_flip() +
    theme_classic()

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置信区间的弯曲端

我不确定向误差线添加弯曲末端的简便方法，因为您可以通过使用geom_segment和带有浅箭头角的箭头来接近。

confint(m) %>% 
  tidy %>% 
  ggplot(aes(x=lhs, y=estimate)) +
  geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") +
  geom_segment(aes(xend=lhs, y=conf.low, yend=conf.high), size=0.4, 
               arrow=arrow(ends="both", length=unit(0.05, "inches"), angle=70)) + 
  geom_point() +
  coord_flip() +
  theme_classic()

lhs订购

在排序方面， lhs将按字母顺序排序，除非将其转换为具有特定顺序的因子。 例如，下面我们按estimate值排序。

confint(m) %>% 
  tidy %>% 
  arrange(estimate) %>% 
  mutate(lhs = factor(lhs, levels=unique(lhs))) %>%   # unique() returns values in the order they first appear in the data
  ggplot(aes(x=lhs, y=estimate)) +
  geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") +
  geom_segment(aes(xend=lhs, y=conf.low, yend=conf.high), size=0.4, 
               arrow=arrow(ends="both", length=unit(0.05, "inches"), angle=70)) + 
  geom_point() +
  coord_flip() +
  theme_classic()