[英]grep NOT with regex
我试图从FASTA文件中保存不包含以下任何字符的行: A
, C
, G
或T
以及不以>
开头的行。 我以为正则表达式[^ACGT]
可以解决问题,但输出为空行
xx@LAPTOP-OP4UUVLH:~$ cat test.txt
>
TTTCCTTTCTGTGATTCCTCAAGCCCCATGGACTTACCGCTTTACCAACAACTGCAGCTAAGCCCGTCTT
CCCCAAAGACGGACCAATCCAGCAGCTTCTACTGCTAYCCATGCTCCCCTCCCTTCGCCGCCGCCGACGC
xx@LAPTOP-OP4UUVLH:~$ grep -v "^>" test.txt | grep "[^ACTG]"
xx@LAPTOP-OP4UUVLH:~$
请注意, test.txt
的最后一行包含Y
字符,因此应将其打印出来。 为什么不只打印与Y的行?
我正在Windows 10中运行ubuntu应用程序。
xx@LAPTOP-OP4UUVLH:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 16.04.3 LTS
Release: 16.04
Codename: xenial
对于文件( test.txt
):
>
TTTCCTTTCTGTGATTCCTCAAGCCCCATGGACTTACCGCTTTACCAACAACTGCAGCTAAGCCCGTCTT
CCCCAAAGACGGACCAATCCAGCAGCTTCTACTGCTAYCCATGCTCCCCTCCCTTCGCCGCCGCCGACGC
您提供的命令( grep -v "^>" test.txt | grep "[^ACTG]"
)显示:
CCCCAAAGACGGACCAATCCAGCAGCTTCTACTGCTAYCCATGCTCCCCTCCCTTCGCCGCCGCCGACGC
如果输出为空,则检查尾随空格。
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