R drake文件输出带变量的名称

Question

我正在使用drake创建多个输出文件，我想通过变量指定路径。 就像是

outpath <- "data"
outfile <- file.path(outpath, "mydata.csv")
write.csv(df, outfile)

但是file_out似乎不适用于除了文字字符之外的赋予它的参数。

给出一个小代码示例：

代码设置

library(drake)

outpath <- "data"
# for reproducibility only
if (!dir.exists(outpath)) dir.create(outpath)

make_data <- function() data.frame(x = 1:10, y = rnorm(10))

工作守则

直接指定文件：

p0 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out("data/mydata0.csv"))
)
make(p0)
#> target file "data/mydata0.csv"

失败的代码

使用file.path构造outfile

p1 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  write.csv(df, file_out(file.path(outpath, "mydata1.csv")))
)
make(p1)
#> target file "mydata1.csv"
#> Error: The file does not exist: mydata1.csv
#> In addition: Warning message:
#> File "mydata1.csv" was built or processed,
#> but the file itself does not exist. 

我猜drake只找到文字字符串作为目标，而不是file.path(...)的结果，例如，这也失败了

p2 <- drake_plan(
  df = make_data(),
  outfile = file.path(outpath, "mydata1.csv"),
  write.csv(df, file_out(outfile))
)
#> Error: found an empty file_out() in command: write.csv(df, file_out(outfile))

知道怎么解决这个问题吗？

Answer 1

对不起，我这个帖子太晚了。 我可以使用drake-r-package标签更轻松地找到问题。

感谢@Alexis提供相关主题的链接。 通配符在这里真的很有帮助。

您需要事先明确指定所有目标，输入文件和输出文件。 这样， drake可以在不评估计划中的任何代码的情况下找出所有依赖关系。 由于drake负责确定何时建立目标，我可能不会在未来的发展中放松这一要求。

对于它的价值，整洁的评估也可能有所帮助。

library(drake) # version 5.3.0
pkgconfig::set_config("drake::strings_in_dots" = "literals")
file <- file.path("dir", "mydata1.csv")
drake_plan(
  df = make_data(),
  output = write.csv(df, file_out(!!file))
)
#> # A tibble: 2 x 2
#>   target         command                                       
#> * <chr>          <chr>                                         
#> 1 df             make_data()                                   
#> 2 output         "write.csv(df, file_out(\"dir/mydata1.csv\"))"

编辑：元编程

我最近在元编程手册中添加了一个冗长的部分 。 如果您想要更灵活和自动化的方式来生成工作流计划数据框，您可能不得不放弃drake_plan()函数并进行更多涉及整洁的评估。 关于问题跟踪器的讨论也是相关的。