R中的deSolve的lsoda函数出错

Question

我正在尝试使用deSolve库的lsoda函数模拟逻辑人口增长模型（dp / dt = k p （1-P / K））。 但是，我一直在定义的参数上出现错误：

tiempo <- seq(0,10,0.5) #define time interval
ic2 <- 1 #define initial population density
parms <- c(K=100, k=2) #define the parameters of the model

log.gr <- function(t,x,k,K){ #define function.

x1 <- k * x[1] * (1-(x[1]/K))
list(c(x1))
}

log.gr.out <- lsoda(ic2, tiempo,log.gr,parms)

错误：函数（时间，状态，参数，...）中的错误：缺少参数“ K”，没有默认值

我已经在parms向量中定义了参数K，所以我不知道错误从何而来。 这是我第一次使用deSolve。 我试图在论坛中寻找类似的答案，但没有成功。 任何帮助是极大的赞赏。

Answer 1

看起来参数变量（ parms ）可通过with()访问（请参阅此处 ）。 尝试这个：

tiempo <- seq(0, 10, 0.5) #define time interval
ic2 <- 1 #define initial population density
parms <- c(K = 100, k=2) #define the parameters of the model
log.gr <- function(t, x, parms) {
        with(as.list(c(parms, x)), {
                x1 <- k * x[1] * (1-(x[1]/K))
                list(c(x1))
        })}
log.gr.out <- lsoda(ic2, tiempo,log.gr,parms)
log.gr.out # output
   time         1
1   0.0  1.000000
2   0.5  2.672371
3   1.0  6.945310
4   1.5 16.866424
5   2.0 35.546072
6   2.5 59.985918
7   3.0 80.295546
8   3.5 91.719949
9   4.0 96.785724
10  4.5 98.793065
11  5.0 99.552603
12  5.5 99.834928
13  6.0 99.939218
14  6.5 99.977638
15  7.0 99.991767
16  7.5 99.996957
17  8.0 99.998889
18  8.5 99.999599
19  9.0 99.999844
20  9.5 99.999940
21 10.0 99.999977