将列名和行名与另一个数据框中的列和值匹配

Question

我有两个数据框如下：

x<-data.frame("Trait1" =c(1,1,0,1),
          "Trait2"=c(1,NA,1,1),
          "Trait3" =c(0,1,0,1))
rownames(x)<-c("A","B","C","D") 

y <- matrix(c("A","A","B","C","D","C"), 
           nrow = 2, ncol = 3, byrow = TRUE, dimnames = list(c("individual1", "individual2"), 
                                                             c("Trait1","Trait2","Trait3")))

这样：

X

  Trait1 Trait2 Trait3
A      1      1      0
B      1     NA      1
C      0      1      0
D      1      1      1

是

         Trait1 Trait2 Trait3
individual1 "A"    "A"    "B"   
individual2 "C"    "D"    "C"  

我需要将 x 的行名称与 y 中的值以及两个数据框中的列名称进行匹配，以获取每个人的值，如下所示：

         Trait1 Trait2 Trait3
individual1   1      1      1   
individual2   0      1      0  

任何建议将不胜感激。 谢谢。

Answer 1

tidyverse 的一个可能解决方案：只需使用有关每个治疗编号和治疗名称的信息连接表，因此第一步是将两个数据集转换（ gather ）为一个通用形式，其中治疗编号和治疗都是列, 不是列名或行名。

library(dplyr)
library(tidyr)

x %>% mutate(v=rownames(.)) %>% 
  gather(k,w,-v) -> x1
y %>% as.data.frame(stringsAsFactors=FALSE) %>% mutate(ID=rownames(.)) %>%
  gather(k,v,-ID) %>% 
  inner_join(x1,by=c("k","v")) %>% 
  select(-v) %>% spread(k,w)

#           ID Trait1 Trait2 Trait3
#1 individual1      1      1      1
#2 individual2      0      1      0

Answer 2

我不太喜欢我的解决方案，我觉得应该有更好的方法来做到这一点，但目前这应该可行（虽然它不是那么好）。

这是代码：

t(sapply(1:nrow(y),function(i) sapply(1:ncol(y),function(j) x[match(y[i,],rownames(x)) 
[j],j])))

输出：

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    1    1
[2,]    0    1    0

解释：

match(y[i,],rownames(x))

以上将 y 的第 i 行的每一列与 x 的行名匹配。 对于 i=1，结果是：

[1] 1 1 2

这个向量中的每个元素都是我们将使用的 x 的行。 现在我们只需要将它匹配到 y 的列（向量的顺序对应于 y 的列，即元素 1 对应于列 1（trait1），元素 2 对应于列 2（trait2））。所以我们应用到每个y 列如下：

对于 i=1

sapply(1:ncol(y),function(j) x[match(y[i,],rownames(x))[j],j])
#[1] 1 1 1

这是新矩阵的第一行，现在我们只需将其应用于 y 的每一行以获得新矩阵的其他行：

t(sapply(1:nrow(y),function(i) sapply(1:ncol(y),function(j)                                                                
    x[match(y[i,],rownames(x))[j],j])))

*注意我采用转置，因为 sapply 每列返回它。

无论如何，这可行，您可以将新矩阵命名为与 y 相同的名称，但解决方案有点复杂，因为我认为应该更简单，因此请检查您是否可以改进代码。 如果您可以更好地使用以下语句，则可能不需要 sapply：

i=1
match(y[i,],rownames(x))

Answer 3

这是一个建议：

#make table of row coordinates
coordinaterow<-y

#make table of col coordinates
coordinatecol<-matrix(colnames(y), 
                      nrow=nrow(y), 
                      ncol=ncol(y), 
                      byrow=TRUE)

#Use coordinates in mapply function to produce the final table.
finalresult<-y  

finalresult[]<-mapply(function(r,c)
  x[r,c],
  coordinaterow,
  coordinatecol,
  SIMPLIFY = TRUE)