为过热热图创建数据帧时，dplyr 左连接错误

Question

我正在尝试使用 R 中的 superheat 包准备用于制作热图的数据。
我的目标是使用left_join()连接两个数据left_join() ，一个包含丰度数据，另一个包含具有相应站点名称的列。 过热函数不接受我的带有站点名称的列作为一个因素。 我希望left_join()可以解决这个问题。 到目前为止，我的代码 des 不起作用。 我将不胜感激您的帮助！

fishdiet <- read.csv("Capis_otu_superheat3_small.csv", header=TRUE, row.names = 1)
Sites <- read.csv("Sites.csv", header=TRUE)

# choose only columns with numeric values
mynumbers <- fishdiet[,c(2:15)]

# left join the 2 data frames 
joined.data <- left_join(data.frame(Sites = rownames(mynumbers)),
                           Sites,
                           by = "Site")
 # or try
joined.data <- left_join(Sites, mynumbers, by = "Site")

输出：dput(head(fishdiet))

structure(list(Site = structure(c(3L, 6L, 5L, 3L, 4L, 7L), .Label = c("MLALR", 
"MLCCR", "MLPBL", "MLPPR", "MLPST", "MLRNW", "MLROL", "MLSCR", 
"MLSIS"), class = "factor"), A1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), 
A2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A3 = c(0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
0L), A4 = c(3L, 0L, 5L, 0L, 52L, 9L), A5 = c(0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L), A6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A7 = c(0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L), A8 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A9 = c(0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A10 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A11 = c(0L, 
1757L, 0L, 0L, 0L, 716L), A12 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), 
A13 = c(24499L, 8785L, 7267L, 19885L, 69L, 12L), A14 = c(19L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), row.names = c("BCS19-10-1_ML1926", 
"BCS19-10-2_ML1950", "BCS19-10-3_ML1974", "BCS19-10-4_ML1998", 
"BCS19-10-5_ML2022", "BCS19-10-6_ML2046"), class = "data.frame")

输出：dput(head(Sites))

structure(list(Site = structure(c(3L, 6L, 5L, 3L, 4L, 7L), .Label = c("MLALR", 
"MLCCR", "MLPBL", "MLPPR", "MLPST", "MLRNW", "MLROL", "MLSCR", 
"MLSIS"), class = "factor")), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

Answer 1

有点不清楚你的目标是什么。 你的两次尝试

left_join(data.frame(Sites = rownames(mynumbers)), Sites, by = "Site")

和

left_join(Sites, mynumbers, by = "Site")

失败，因为mynumbers不包含“站点”列（这是您要加入的列）。 如果你的目标是简单地摆脱你可以做的因素

fishdiet <- fishdiet %>%
    rownames_to_column() %>%  # necessary only if you want to preserve rownames
    mutate(fishdiet, Site = as.character(Site))

然后尝试在fishdiet上调用您的热图函数。 如果它不起作用，请随时发布您的热图代码和所需的输出，这样可以更轻松地为您提供帮助。