使用Docker文件从源代码安装R软件包

Question

我正在尝试使用dockerfile从源代码安装r软件包。 就像这里看到的（为简单起见，使用ggplot2）

FROM rocker/r-ver

COPY . /usr/local/src/myscripts
WORKDIR /usr/local/src/myscripts

RUN R -e 'install.packages("ggplot2_3.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'

CMD ["Rscript", "run.R"]

建立图片后，出现此错误

> install.packages("ggplot2_3.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
ERROR: dependencies ‘digest’, ‘gtable’, ‘lazyeval’, ‘plyr’, ‘reshape2’, 
‘rlang’, ‘scales’, ‘tibble’, ‘viridisLite’, ‘withr’ are not available for 
package ‘ggplot2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/ggplot2’
Warning message:
In install.packages("ggplot2_3.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source") 
:>
> installation of package ‘ggplot2_3.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

可以在这里看到docker文件夹中包含的文件

有谁知道我需要添加到dockerfile来解决（如果可能）此错误的问题？

Answer 1

由于您设置了repos = NULL ，因此您需要首先安装所有提到的依赖项，然后再安装它们的依赖项。 您可以手动执行此操作，但弄清所有依赖关系将很麻烦，并且每次更新都会更改。

因此，最好使用本地程序包管理器。 我没有任何个人经验，但是您可以尝试{miniCRAN} 。