[英]How to merge two data frames by ranges in R?
假设我有两个数据帧,例如:
set.seed(123)
df0<-data.frame(pos=3:12,
count0=rbinom(10, 50, 0.5),
count2=rbinom(10, 20, 0.5))
df0
pos count0 count2
1 3 23 14
2 4 28 10
3 5 24 11
4 6 29 10
5 7 30 7
6 8 19 13
7 9 25 8
8 10 29 6
9 11 25 9
10 12 25 14
df1<-data.frame(start=c(4, 7, 11, 14),
end=c(6, 9, 12, 15),
cnv=c(1, 2, 3, 4))
df1
start end cnv
1 4 6 1
2 7 9 2
3 11 12 3
4 14 15 4
我想要的是使用df0$pos
与df1$start
和df1$end
的范围合并df0和df1。 如果pos
落在start:end
范围内,则从df1
填充cnv
,否则将cnv
设置为零。 上面示例的输出为:
pos count0 count2 cnv
1 3 23 14 0
2 4 28 10 1
3 5 24 11 1
4 6 29 10 1
5 7 30 7 2
6 8 19 13 2
7 9 25 8 2
8 10 29 6 0
9 11 25 9 3
10 12 25 14 3
我们可以用sapply
发现if
有其存在范围内的折射率else
返回0。
df0$cnv <- sapply(df0$pos, function(x) {
inds <- x >= df1$start & x <= df1$end
if (any(inds))
df1$cnv[inds]
else 0
})
df0
# pos count0 count2 cnv
#1 3 23 14 0
#2 4 28 10 1
#3 5 24 11 1
#4 6 29 10 1
#5 7 30 7 2
#6 8 19 13 2
#7 9 25 8 2
#8 10 29 6 0
#9 11 25 9 3
#10 12 25 14 3
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