准备具有外部依赖关系的CRAN R包（nlopt）

Question

我正在尝试向CRAN提交一个在Debian预测试过程中失败的软件包。

我使用一些C ++代码与Rcpp / RcppArmadillo（使用<nlopt.hpp> ）连接到nlopt优化库。 因此，我的软件包需要一个系统版本的nlopt，可以通过deb软件包libnlopt-dev安装（我将它添加到SystemRequirements字段）。

我使用配置脚本和pkg-config来检索（希望）适当的编译器标志，然后我将其发送到src / Makevars

NLOPT_LIBS=`pkg-config --libs ${PKG_CONFIG_NAME}`
NLOPT_FLAG=`pkg-config --cflags ${PKG_CONFIG_NAME}`

这种方法适用于我的系统（Ubuntu 18.04，R 3.5.2）和Travis（linux和mac OS），但在Debian CRAN服务器上失败： https ：//win-builder.r-project.org/incoming_pretest/PLNmodels_0 .7_20190119_161032 / Debian的/ 00install.out

我添加了一些详细信息来检查标志是否在CRAN服务器上正确导出，它们对我来说似乎没问题：至少在系统上找到了nlopt的版本（参见下文， NLOPT_LIBS=-lnlopt -lm ）。 但是， <nlopt.hpp>没有找到<nlopt.hpp> ......

任何帮助将不胜感激。 感谢您抽出宝贵时间阅读本文。

* installing *source* package ‘PLNmodels’ ...
Using NLOPT_LIBS=-lnlopt -lm
Using NLOPT_FLAG=
** libs
g++-8  -std=gnu++11 -I"/home/hornik/tmp/R/include" -DNDEBUG -fopenmp
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/Rcpp/include"
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/RcppArmadillo/include"
-I/usr/local/include -fopenmp  -fpic  -g -O2 -Wall -pedantic
-mtune=native -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++-8  -std=gnu++11 -I"/home/hornik/tmp/R/include" -DNDEBUG -fopenmp
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/Rcpp/include"
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/RcppArmadillo/include"
-I/usr/local/include -fopenmp  -fpic  -g -O2 -Wall -pedantic
-mtune=native -c call_nlopt_PLN_VE.cpp -o call_nlopt_PLN_VE.o
In file included from call_nlopt_PLN_VE.cpp:6:
utils.h:5:10: fatal error: nlopt.hpp: No such file or directory
 #include <nlopt.hpp>
          ^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/home/hornik/tmp/R/etc/Makeconf:173: call_nlopt_PLN_VE.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘PLNmodels’
* removing ‘/srv/hornik/tmp/CRAN/PLNmodels.Rcheck/PLNmodels’

Answer 1

nlopt的C ++接口已经迁移到Debian中的一个单独的包，参见https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=855600 。 所以看起来特定的CRAN机器使用Debian Testing或Stable + libnlopt-dev并且只安装了libnlopt-dev但没有安装libnlopt-cxx-dev 。 您必须联系CRAN维护者才能安装此依赖项。

顺便说一句，理想情况下，这样的错误应该在configure脚本中，即你应该尝试编译一个需要nlopt.hpp的简单程序。

Answer 2

你在r-package-devel上问了同样的问题，我对你没有好的答案。

实质上，您在一个必需的上游包中有很好的变化。 这非常微妙。 除了@Ralf的建议，我想不出任何东西： 测试它 。

或者您可能无法将包的要求传达给CRAN。 但这将是一个更简单的问题，当遇到错误的版本时，您将无法安装失败。

总的来说，我的建议与以前一样：与Jelmer合作，并等待他发布更新的nloptr版本。 在此之前，所有解决方案都必然是捏造， 因为您无法控制您的软件包可能遇到的nloptr版本 。